公司跟个人签订合作协议时，费用的支付方式主要取决于双方协商的结果以及合作协议的具体内容，但通常可以遵循以下几种常见且合法的方式：
固定费用支付：
- 如果合作内容相对明确且可量化，双方可以约定一个固定的合作费用。公司可以按照协议约定的时间节点（如按月、按季度或按项目完成等）向个人支付这笔费用。这种方式简单明了，便于双方管理和核算。
提成或分成支付：
- 在一些销售、推广或创意合作中，公司可能会根据个人完成的业绩或成果来支付费用。例如，按照销售额的一定比例支付提成，或者按照项目利润进行分成。这种方式能够激励个人更加积极地投入工作，但也需要双方对业绩或成果的评估标准有明确的约定。
阶段性支付：
- 对于一些长期或复杂的合作项目，双方可以约定按照项目进展的阶段来支付费用。例如，在项目启动时支付一部分预付款，在项目中期支付一部分进度款，在项目完成并验收合格后支付尾款。这种方式能够确保公司对项目的投入与个人的工作进度相匹配。
混合支付方式：
- 在某些情况下，双方可能会结合上述几种方式来制定支付方案。例如，既约定一个固定的基础费用，又根据个人完成的业绩支付额外的提成或分成。这种方式能够兼顾双方的利益和需求。
在制定支付方式时，双方还需要注意以下几点：
- 明确支付时间和方式：在合作协议中明确约定费用的支付时间节点和支付方式（如银行转账、现金支付等），以避免后续产生纠纷。
- 约定违约责任：如果一方未能按照协议约定的时间和方式支付费用，应明确约定违约责任和赔偿方式，以保障双方的合法权益。
- 考虑税务问题：个人在收到公司支付的费用时，可能需要缴纳个人所得税。双方应在协议中明确税务责任的承担方，并确保符合相关税法规定。
建议：在签订合作协议前，双方应充分沟通并明确各自的需求和期望，以制定出合理、合法且双方都能接受的支付方式。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。