还款协议上盖合同专用章是有效的，但具体效力需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
合同专用章的法律效力
- 合同专用章是单位对外签订合同时使用的专用印章，在合同上加盖合同专用章，通常表明单位对合同内容的认可和接受，具有法律效力。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，在还款协议上加盖合同专用章，一般可以视为单位对还款协议的确认，协议对双方具有约束力。
合同专用章与公章的效力对比
- 虽然公章在单位对外活动中具有最高的法律效力，但合同专用章在签订合同时同样具有法律效力。只要合同专用章是真实、有效的，且加盖在合同文本上，就应当认定合同成立并生效。当然，如果单位有特别规定，要求所有合同必须加盖公章才生效，那么在这种情况下，仅加盖合同专用章可能不足以使合同生效。但这种情况较为少见，且需要单位有明确的内部规定作为依据。
实际使用中的注意事项
- 确保印章真实有效：在加盖合同专用章前，应确认印章的真实性和有效性，避免使用伪造或过期的印章。
- 明确合同内容：还款协议的内容应当明确、具体，包括还款金额、还款期限、还款方式等关键条款，以避免因条款不清而产生纠纷。
- 保留相关证据：在签订还款协议时，建议保留与协议签订相关的证据，如谈判记录、邮件往来等，以备不时之需。
可能存在的风险及应对
- 印章被盗用或滥用：如果合同专用章被盗用或滥用，可能导致单位承担不必要的法律责任。因此，单位应加强对印章的管理和保管，确保印章的安全。
- 协议内容存在瑕疵：如果还款协议的内容存在瑕疵或不明确，可能导致协议无法履行或产生纠纷。在这种情况下，双方应协商修改协议内容，或寻求法律途径解决纠纷。
建议：在签订还款协议时，务必确保加盖的印章真实有效，并仔细审查协议内容，确保条款明确、具体。如果有任何疑问或不确定的地方，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。