公司可以在以下情况下合法扣除员工的全勤奖金，但需满足法定及合同约定的条件：

1. 规章制度明确约定且合法有效
   若公司通过民主程序（如职工代表大会讨论）制定了合法有效的规章制度，并在劳动合同中明确约定“全勤奖金的发放与考勤挂钩”，且该制度已向员工公示或告知，则公司可依据制度扣除全勤奖金。例如：员工存在迟到、早退、旷工等违反考勤制度的行为，且制度中明确规定了扣除标准（如迟到一次扣10%全勤奖金）。

2. 员工存在严重违反公司纪律的行为
   若员工因故意或重大过失导致公司遭受损失（如泄露商业秘密、违反操作规程造成事故等），公司可根据规章制度或劳动合同约定扣除全勤奖金作为纪律处分。但需注意：

   • 扣除金额需与损失程度、员工过错程度相当，不得滥用；
     
   • 需保留员工违规的证据（如监控录像、书面记录等）。

3. 劳动合同或集体合同中有明确约定
   若劳动合同或集体合同中明确约定了全勤奖金的发放条件（如“全年无迟到、早退、旷工方可发放”），且员工未达到约定条件，公司可依法扣除。但约定需合理，不得排除员工合法权益（如因病假、事假等合理事由缺勤）。

4. 员工未完成基本工作任务或考核不达标
   若全勤奖金与绩效考核挂钩（如“需完成月度基本任务方可发放”），且员工因自身原因未达标，公司可依据制度扣除。但需注意：

   • 考核标准需明确、客观、可量化；
     
   • 需提前告知员工考核规则及结果。

注意事项：

• 合法性审查：公司规章制度需符合《劳动合同法》第四条的规定（民主程序制定、内容合法、公示告知），否则可能被认定为无效。
  
• 比例原则：扣除金额需合理，不得超过员工当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工原因造成经济损失的扣除上限为月工资20%）。
  
• 程序合规：扣除前需与员工沟通确认，保留书面记录（如签字确认的考勤表、违规通知单等）。
  

若公司未满足上述条件擅自扣除全勤奖金，员工可要求公司补发，并可通过劳动仲裁维护权益。如有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我咨询。