结论：针对您提出的“公司协议分期发工资，补偿金还是劳动仲裁”的问题，这主要取决于公司分期发工资的具体原因、是否违反了劳动合同或相关法律法规，以及您是否因此选择解除劳动合同。以下是从不同角度的详细分析：

1. 公司分期发工资的合法性：

   • 合法情形：如果公司因特殊原因（如资金周转困难）与您协商一致，并签订了书面协议分期发放工资，且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么这种分期发工资的方式是合法的。在此情况下，您通常无权直接要求公司支付经济补偿金或提起劳动仲裁要求立即支付全额工资。
   • 违法情形：如果公司未经您同意，单方面决定分期发放工资，或者分期发放工资的行为违反了劳动合同的约定或相关法律法规（如未及时足额支付劳动报酬），那么这种行为是违法的。

2. 经济补偿金的支付条件：

   • 一般情形：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，经济补偿金通常是在劳动合同解除或终止时，由用人单位支付给劳动者的。如果公司分期发工资的行为并未导致您解除劳动合同，那么您通常无权要求公司支付经济补偿金。
   • 特殊情形：如果公司分期发工资的行为构成了未及时足额支付劳动报酬，且您因此依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条的规定解除了劳动合同，那么您有权要求公司支付经济补偿金。经济补偿金的计算方式按照您在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向您支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向您支付半个月工资的经济补偿。

3. 劳动仲裁的适用情形：

   • 争议解决：如果您与公司就分期发工资的问题产生了争议，且无法通过协商解决，那么您可以向劳动仲裁机构提起劳动仲裁。劳动仲裁机构将依法对争议进行裁决，并维护您的合法权益。
   • 仲裁请求：在提起劳动仲裁时，您可以根据具体情况请求劳动仲裁机构裁决公司立即支付全额工资、支付经济补偿金（如果符合支付条件）或采取其他补救措施。

建议：

• 与公司协商：首先，建议您与公司进行协商，了解分期发工资的具体原因和计划，并尝试达成一致意见。
• 保留证据：如果公司未经您同意单方面决定分期发放工资，或者分期发放工资的行为违反了劳动合同的约定或相关法律法规，请务必保留相关证据（如工资条、银行转账记录、劳动合同等）。
• 寻求法律帮助：如果您无法与公司协商解决争议，或者公司拒绝支付经济补偿金或全额工资，请及时向我咨询或向劳动仲裁机构提起劳动仲裁，以维护您的合法权益。