核心结论：土地合同到期后未经合法程序擅自更改土地性质并建设厂房，属于违法行为，可能面临行政处罚、合同违约责任及民事赔偿风险，需立即停止使用、补办手续或拆除恢复，具体处理方式需结合土地原性质、审批情况及当地政策综合判断。以下是具体分析：
一、法律风险分析
土地性质变更的合法性
根据《土地管理法》第4条、第56条，土地用途变更（如农用地转建设用地）需经原批准用地的人民政府批准，并重新签订土地使用权出让合同或补缴出让金。若未履行审批程序，擅自改变土地性质属于违法行为，可能被责令限期改正、没收违法所得，甚至面临罚款（罚款标准为非法所得的50%以下，或按占用面积处每平方米10元至30元罚款）。
合同到期后的权利义务
土地合同到期后，原使用权人若未续签合同或未取得新权属证明，继续使用土地即构成无权占有。此时建设厂房，可能因缺乏合法权属基础被认定为违章建筑，面临强制拆除风险（《城乡规划法》第64条）。
行政处罚与民事责任
- 行政责任：自然资源部门可对擅自改变土地用途的行为立案查处，要求恢复原状或没收建筑物。
- 民事责任：若原土地出让方（如村委会、政府）主张权利，可能要求赔偿土地占用期间的损失（如租金差额、土地价值贬损等）。
二、补救措施建议
立即停止使用并评估现状
- 停止厂房使用，避免扩大损失。
- 核查土地原性质（如是否为集体建设用地、农用地等）、原合同条款（如是否允许续期或改建）及当地政策（如“三旧改造”等特殊规定）。
补办审批手续（若可能）
- 若土地符合规划且当地政策允许，可向自然资源部门申请补办土地用途变更手续，缴纳土地出让金及税费，重新签订土地使用权合同。
- 需注意：农用地转建设用地需省级政府或国务院批准，集体建设用地入市需符合《土地管理法》第63条条件（如经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员同意）。
协商或诉讼解决争议
- 与原出让方协商：若原合同未明确禁止改建，可尝试协商续期或补偿方案，签订补充协议明确权利义务。
- 行政复议/诉讼：若对行政处罚不服，可在收到处罚决定书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼，主张程序违法或事实认定错误。
拆除或转让（无补救可能时）
- 若无法补办手续且面临强制拆除，可主动拆除并复垦，减少罚款风险。
- 若厂房有合法建设部分（如已取得建设工程规划许可证），可尝试分割转让合法部分，降低损失。
三、特殊情形提示
- 历史遗留问题：若厂房建于2008年《城乡规划法》实施前，且符合当时政策，可能适用“法不溯及既往”原则，但需提供证据证明建设合法性。
- 政策优惠地区：部分地区对产业升级、乡村振兴项目有土地用途变更的绿色通道，可咨询当地自然资源部门是否符合条件。
行动建议：立即委托律师梳理土地权属文件、原合同、建设审批记录等材料，评估违法情节轻重及补救可行性，制定分步应对方案。若需进一步分析，可提供具体材料后向我咨询。