结论：工程未结算但开票额已超过合同金额，并不直接等同于虚开发票，是否构成虚开需结合具体事实和法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、虚开发票的法律定义
根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关税收法律法规，虚开发票通常指的是以下几种行为：
- 为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
- 让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
- 介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
二、工程未结算但开票额超合同金额的情况分析
正常业务调整：
- 在实际工程中，由于设计变更、工程量增减等原因，合同金额可能会发生调整。如果开票额超过原合同金额，但属于双方协商一致的正常业务调整，且能够提供相应的变更协议、补充合同等证据，则不构成虚开发票。
提前开票或预开发票：
- 有时为了资金周转或满足甲方（发包方）的财务要求，乙方（承包方）可能会提前开具发票或预开发票。这种情况下，如果双方有明确的约定，且后续能够按照实际完成工程量进行结算，也不构成虚开发票。但需注意，提前开票或预开发票可能涉及税收风险，如增值税的纳税义务发生时间可能提前。
虚增工程量或虚构业务：
- 如果乙方为了获取更多利益，故意虚增工程量或虚构业务，从而开具超过实际工程量的发票，且无法提供相应的证据支持其开票金额，则可能构成虚开发票。这种行为不仅违反了税收法律法规，还可能涉及合同诈骗等刑事犯罪。
三、法律建议
核实开票依据：
- 对于已经开具的发票，应核实其开票依据是否充分，包括合同、变更协议、工程量清单等。确保开票金额与实际完成工程量相符。
及时沟通结算：
- 如果工程尚未结算，应尽快与甲方沟通，明确结算时间和方式。避免因长时间未结算而导致开票金额与实际结算金额不一致，从而引发虚开发票的嫌疑。
保留相关证据：
- 在整个工程过程中，应妥善保留与开票、结算相关的所有证据，包括合同、变更协议、工程量清单、发票等。这些证据在后续可能发生的税务稽查或法律纠纷中至关重要。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但根据约束条件调整表述）：
- 如果对开票行为是否构成虚开存在疑问，或已经面临税务稽查、法律纠纷等问题，建议直接向我咨询。作为专业律师，我将根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
四、可能的法律后果
如果构成虚开发票，将可能面临以下法律后果：
税务处罚：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关规定，虚开发票可能面临罚款、没收违法所得等税务处罚。
刑事责任：
- 如果虚开发票行为情节严重，还可能构成虚开发票罪等刑事犯罪，面临刑事处罚。
因此，在处理工程未结算但开票额超合同金额的问题时，应谨慎对待，确保开票行为合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。