三层以上农村自建房的合同，在多数情况下更倾向于被认定为承揽合同，但具体还需根据合同内容及实际履行情况来判断。以下从几个角度进行详细分析：
承揽合同与建设工程施工合同的区分：
- 承揽合同：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，承揽合同是承揽人按照定作人的要求完成工作，交付工作成果，定作人支付报酬的合同。承揽包括加工、定作、修理、复制、测试、检验等工作。在农村自建房的场景中，如果房主（定作人）与施工方（承揽人）之间约定的是由施工方按照房主的要求完成房屋的建造，并交付房屋这一工作成果，房主支付相应的报酬，那么这种合同更符合承揽合同的特征。
- 建设工程施工合同：如果农村自建房的规模较大，涉及复杂的工程技术和安全管理要求，且施工方具备相应的建筑施工资质，那么这种合同可能更倾向于被认定为建设工程施工合同。然而，在农村自建房的实践中，由于施工方往往不具备专业的建筑施工资质，且房屋规模相对较小，因此更倾向于被认定为承揽合同。
合同内容及实际履行情况的影响：
- 合同内容：合同的具体条款是判断合同类型的重要依据。如果合同中明确约定了施工方需按照房主的要求完成房屋的建造，并交付房屋，同时房主支付报酬，那么这种合同更可能是承揽合同。
- 实际履行情况：除了合同内容外，合同的实际履行情况也是判断合同类型的重要因素。如果在实际履行过程中，施工方确实是按照房主的要求进行施工，并最终交付了房屋，那么这种合同更符合承揽合同的特征。
法律后果与风险提示：
- 如果认定为承揽合同：房主作为定作人，在承揽人完成工作并交付工作成果后，有义务支付报酬。同时，如果承揽人在完成工作过程中造成第三人损害或者自己损害的，定作人不承担侵权责任，但定作人对定作、指示或者选任有过错的，应当承担相应的责任。
- 风险提示：对于房主而言，在选择施工方时，应谨慎审查其资质和信誉，避免选择不具备相应能力的施工方。同时，在合同中应明确约定双方的权利和义务，以及违约责任和争议解决方式等条款，以降低法律风险。
建议：在签订三层以上农村自建房的合同时，房主和施工方应明确合同类型及双方的权利和义务。如果可能的话，可以咨询专业律师或法律机构，以确保合同的合法性和有效性。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。