结论：在取保候审已过三年且检察院已作不起诉处理的情况下，一般不需要主动去公安机关撤案，但建议与公安机关确认案件状态并获取相关证明文件。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律程序角度
不起诉决定的效力：
- 检察院作出不起诉决定，意味着在法律上认定犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚。这一决定具有终止刑事诉讼程序的法律效力。
撤案的主体与程序：
- 撤案通常是由公安机关在侦查过程中，发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者犯罪情节显著轻微不需要追究刑事责任时，主动作出的决定。在检察院已经作出不起诉决定后，公安机关一般不会再对同一案件进行撤案处理，因为此时案件已经终结。
案件状态确认：
- 尽管检察院已经作出不起诉决定，但为了确保案件确实已经终结，建议与公安机关联系，确认案件状态，并获取相关证明文件，如《撤销案件决定书》或《不起诉决定书》的副本等。
二、实际操作角度
保留证据：
- 保留好检察院的不起诉决定书以及其他相关法律文书，这些文件是证明你无罪或案件已终结的重要证据。
与公安机关沟通：
- 尽管法律上可能不需要主动去公安机关撤案，但与公安机关保持沟通，了解案件的具体处理情况，有助于消除可能的误解或遗留问题。
关注后续影响：
- 不起诉决定并不意味着完全没有影响。例如，在某些情况下，可能仍然需要面对行政处罚、民事赔偿等后续问题。因此，建议持续关注案件的后续发展，并在必要时寻求法律帮助。
三、特殊情况考虑
如果案件涉及其他法律程序：
- 如果案件还涉及其他法律程序，如民事诉讼、行政诉讼等，那么不起诉决定可能只是其中一个环节的结果。在这种情况下，需要综合考虑所有法律程序的影响，并采取相应的法律措施。
如果公安机关未及时更新案件状态：
- 在极少数情况下，公安机关可能由于各种原因未及时更新案件状态。如果发现这种情况，建议及时与公安机关沟通，要求更新案件状态并获取相关证明文件。
建议：虽然从法律程序上讲，在检察院作出不起诉决定后，一般不需要主动去公安机关撤案，但为了确保案件确实已经终结并消除可能的误解或遗留问题，建议与公安机关联系确认案件状态并获取相关证明文件。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。