取保候审三年之后，若确实没有证据、事实不清且确认没有犯罪行为，公安机关是可以撤案的。这一结论主要基于以下几点法律分析和实践考量：
一、法律依据
《公安机关办理刑事案件程序规定》：
- 第一百八十六条明确规定，经过侦查，若发现没有犯罪事实、情节显著轻微不认为是犯罪等情形，公安机关应当撤销案件。这一条款为撤案提供了直接的法律依据。
《刑事诉讼法》：
- 该法也强调了对于没有犯罪事实或者犯罪情节显著轻微的案件，不应当追究刑事责任，已经追究的应当撤销案件。这进一步支持了在没有犯罪事实的情况下撤案的合法性。
二、撤案的常见情况
没有犯罪事实：
- 若在取保候审期间，经过深入侦查，发现最初认为的犯罪行为实际上并不存在，或是对犯罪事实的认定出现根本性错误，公安机关应依法撤销案件。例如，某被指控盗窃的案件，经调查实为物品主人误放或遗忘，则应撤销案件。
情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪：
- 某些行为虽表面符合犯罪构成要件，但情节轻微、社会危害小，法律上不视为犯罪。在这种情况下，公安机关也应撤销案件。例如，邻里纠纷中的轻微冲突，未造成实际伤害，可能被视为情节显著轻微而撤销案件。
三、撤案后的处理
- 公安机关决定撤销案件时，必须立即释放已被逮捕的犯罪嫌疑人（如有），并发给释放证明。对于取保候审的犯罪嫌疑人，应解除取保候审措施。这一处理流程确保了犯罪嫌疑人的合法权益得到保护。
四、实践考量
- 证据收集与审查：在实际操作中，公安机关会严格审查证据，确保撤案决定的合法性和合理性。若证据不足或存在矛盾，公安机关会进一步调查或请求检察机关补充侦查，以避免错误撤案。
- 时间因素：虽然取保候审的期限可能长达一年（特殊情况下可延长），但撤案的决定并不直接受取保候审期限的限制。只要符合撤案条件，公安机关可随时撤案。然而，若案件长期未决，可能会引发对司法效率的质疑。
- 犯罪嫌疑人的权益：在撤案过程中，犯罪嫌疑人的合法权益应得到充分保障。公安机关应依法告知犯罪嫌疑人撤案决定，并解释撤案理由。犯罪嫌疑人如有异议，可依法提出申诉或控告。
五、建议与注意事项
- 保持沟通：在取保候审期间，犯罪嫌疑人应保持与公安机关的沟通，及时了解案件进展。若认为案件应撤案，可向公安机关提出书面申请，并附上相关证据和理由。
- 法律援助：如犯罪嫌疑人对撤案决定有异议或需要法律帮助，可寻求专业律师的协助。律师可提供法律咨询、代理申诉或控告等服务，以维护犯罪嫌疑人的合法权益。
总结来看，取保候审三年之后，若确实没有证据、事实不清且确认没有犯罪行为，公安机关是可以撤案的。但这一决定需基于严格的证据审查和法律判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。