针对您提出的“代为管理的门店员工的劳动关系如何确定”这一问题，这确实是一个涉及劳动法与实际管理操作相结合的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，劳动关系的确定并不单纯取决于合同的形式或名称，而是要基于实际的用工事实以及双方之间的法律关系实质。在代为管理的门店场景中，员工与门店（或其背后的管理实体）之间的劳动关系，应当从以下几个方面进行综合判断：

1. 主体资格：

   • 确认门店（或管理实体）是否具备用工主体资格，即是否为合法注册的企业或个体工商户，能够独立承担民事责任。
   • 确认员工是否具备劳动者的主体资格，即是否为年满16周岁、未达到法定退休年龄的自然人，且具备提供劳动的能力。

2. 建立劳动关系的合意：

   • 审查双方是否有建立劳动关系的明确意愿，这通常体现在劳动合同的签订上。即使员工同时是门店的合伙人或股东，只要双方签订了劳动合同，并明确了劳动权利义务，就体现了建立劳动关系的合意。
   • 需要注意的是，合伙协议或股东协议并不必然否定劳动关系的存在。如果合伙协议或股东协议中未明确排除劳动关系，且双方实际履行了劳动合同中的义务，则劳动关系仍然成立。

3. 人身隶属性：

   • 考察员工是否接受门店（或管理实体）的管理和指挥，包括工作安排、工作时间、工作地点等方面的限制。
   • 如果员工在代为管理期间，其工作内容、岗位、职责等均由门店（或管理实体）决定，且需遵守门店的规章制度和劳动纪律，则体现了人身隶属性。

4. 经济从属性：

   • 分析员工是否从门店（或管理实体）处获得劳动报酬，这是判断经济从属性的关键。
   • 即使员工同时是门店的合伙人或股东，并享有分红等权益，但只要其按月从门店（或管理实体）处获得固定工资或按工作量计算的报酬，就体现了经济从属性。

5. 实际用工事实：

   • 综合考虑上述因素，结合员工在门店的实际工作情况，如工作时长、工作内容、工作方式等，来判断双方之间是否存在实际的用工关系。
   • 如果员工在门店实际提供了劳动，并接受了门店的管理和指挥，且从门店处获得了劳动报酬，则应当认定双方之间存在劳动关系。

具体案例分析： 以您提供的参考信息中的奶咖店案例为例，刘某虽然成为了奶咖店的合伙人，但他与奶咖店之间仍然签订了劳动合同，并约定了劳动权利义务。在实际工作中，刘某的工作岗位和内容未发生实质变化，仍需服从奶咖店的安排，且按月从奶咖店处获得工资。因此，法院认定刘某与奶咖店之间存在劳动关系，并支持了刘某主张奶咖店违法解除劳动合同赔偿金的请求。

建议： 对于代为管理的门店，为了明确员工的劳动关系，建议门店（或管理实体）与员工签订明确的劳动合同，并在合同中详细约定双方的权利义务。同时，门店（或管理实体）应建立健全的规章制度和劳动纪律，确保对员工的管理合法合规。如果员工同时是门店的合伙人或股东，应在合伙协议或股东协议中明确双方的法律关系，避免产生劳动争议。

综上所述，代为管理的门店员工的劳动关系确定需要综合考虑多个因素，包括主体资格、建立劳动关系的合意、人身隶属性、经济从属性以及实际用工事实等。希望以上解答能够对您有所帮助。