两次流标后直接变更采购方式是否合法，需结合具体情况及法律法规综合判断，一般情况下，直接变更采购方式可能存在法律风险，但符合法定条件并履行相应程序时，可以变更采购方式。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规依据
《中华人民共和国政府采购法》：
- 该法规定了政府采购的基本程序和方式，包括公开招标、邀请招标、竞争性谈判、单一来源采购、询价等。
- 在公开招标过程中，如果两次流标（即两次招标均无人投标或投标人不足三家），采购人通常需要重新组织招标或考虑其他采购方式。
《中华人民共和国政府采购法实施条例》：
- 该条例对政府采购法的具体实施进行了细化，包括招标失败后的处理程序。
- 根据条例规定，公开招标数额标准以上的采购项目，投标截止后投标人不足3家或者通过资格审查或符合性审查的投标人不足3家的，除采购任务取消情形外，采购人应当报告财政部门，由财政部门按照以下原则处理：
- 招标文件存在不合理条款或者招标程序不符合规定的，指出原因，采购人改正后依法重新招标；
- 招标文件没有不合理条款、招标程序符合规定，需要采用其他采购方式采购的，采购人应当依法报财政部门批准。
二、直接变更采购方式的合法性分析
未经批准直接变更的违法性：
- 如果采购人在两次流标后，未经财政部门批准，直接变更采购方式（如从公开招标变更为竞争性谈判或单一来源采购），这种行为可能违反政府采购法的规定，构成违法。
符合法定条件并履行程序后的合法性：
- 如果采购人在两次流标后，能够证明招标文件没有不合理条款、招标程序符合规定，并且需要采用其他采购方式采购的，可以依法向财政部门报批。
- 在获得财政部门批准后，采购人可以变更采购方式，并按照新的采购方式组织采购活动。这种情况下，变更采购方式是合法的。
三、实际操作建议
严格遵守法律法规：
- 采购人在处理两次流标的情况时，应严格遵守政府采购法及其实施条例的规定，不得擅自变更采购方式。
及时报告财政部门：
- 在两次流标后，采购人应及时向财政部门报告，并说明招标失败的原因和拟采取的措施。
依法报批变更采购方式：
- 如果需要变更采购方式，采购人应依法向财政部门报批，并按照批准后的采购方式组织采购活动。
完善招标文件和程序：
- 为避免流标情况的发生，采购人应完善招标文件，确保招标条款合理、明确；同时，应严格按照招标程序组织采购活动，确保公平、公正、公开。
举例说明：假设某政府采购项目进行公开招标，两次均因投标人不足三家而流标。采购人认为招标文件没有不合理条款、招标程序符合规定，且该项目具有特殊性，需要采用单一来源采购方式。此时，采购人应依法向财政部门报批，说明理由和依据。在获得财政部门批准后，采购人可以变更采购方式为单一来源采购，并按照该方式组织采购活动。
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