关于政府约定民营房开公司土地出让金超过1000万元部分奖励给民营企业是否合法的问题，这并非一个简单的“合法”或“不合法”的判断，而是需要结合具体情况和相关法律法规进行综合分析。以下是我从不同角度给出的详细解答：
合同自由原则的角度：
- 在民事法律关系中，合同自由原则是一项基本原则。如果政府与民营企业之间通过合法、自愿、平等的协商，达成了关于土地出让金奖励的协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么从合同自由原则的角度来看，这样的约定是合法的。
土地出让金管理的角度：
- 土地出让金是政府出让土地使用权时收取的费用，其管理和使用受到严格的法律法规约束。根据相关规定，土地出让金应当纳入财政预算，实行“收支两条线”管理。因此，政府在决定将土地出让金超过一定数额的部分奖励给民营企业时，必须确保这一行为符合财政预算管理的规定，且不会损害公共利益。
- 如果政府未经法定程序，擅自将土地出让金奖励给民营企业，可能涉嫌违反财政预算管理规定，甚至构成违法违规行为。
行政奖励的合法性角度：
- 政府为了鼓励特定行业或企业的发展，有时会采取行政奖励的措施。然而，行政奖励的给予必须遵循法定程序和条件，确保奖励的公正性、合理性和合法性。
- 在本案例中，如果政府将土地出让金超过1000万元的部分作为奖励给予民营企业，需要明确这一奖励是否符合行政奖励的法定条件和程序。例如，奖励的依据是否充分、奖励的标准是否明确、奖励的程序是否公开透明等。
可能的法律后果角度：
- 如果政府与民营企业之间的约定违反了相关法律法规或财政预算管理规定，那么这一约定可能面临被撤销或宣告无效的法律后果。
- 此外，如果政府或相关责任人员因违法违规行为给国家、集体或第三人造成损失的，还可能承担相应的赔偿责任或行政责任。
建议：
- 对于政府而言，在决定将土地出让金奖励给民营企业时，应确保这一行为符合相关法律法规和财政预算管理规定，遵循法定程序和条件，确保奖励的公正性、合理性和合法性。
- 对于民营企业而言，在接受政府奖励时，应仔细审查奖励协议的内容，确保协议合法、有效，并了解奖励可能带来的法律后果和责任。
总结：政府约定民营房开公司土地出让金超过1000万元部分奖励给民营企业是否合法，需要结合具体情况和相关法律法规进行综合分析。如果这一约定符合合同自由原则、土地出让金管理规定、行政奖励的合法性条件，且不违反其他法律法规的强制性规定，那么这样的约定是合法的。否则，可能面临法律风险和责任。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。