针对您提出的“怀疑孩子被掉包要求做亲子鉴定而孩子不同意怎么办”这一问题，这确实是一个涉及家庭关系、法律权益以及情感处理的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律层面分析
亲子鉴定的启动条件：
- 根据我国法律规定，亲子鉴定通常需要双方当事人的同意。在一方当事人申请鉴定，而另一方当事人（包括孩子，如果其已具备相应的民事行为能力）拒绝鉴定的情况下，法院不能强制启动亲子鉴定程序。
婚生子女推定规则：
- 在没有确凿证据证明孩子非亲生的情况下，法律首先适用婚生子女推定规则，即默认孩子是夫妻双方的婚生子女。
拒绝鉴定的法律后果：
- 如果一方当事人控制证据（如孩子）且无正当理由拒不提交，对待证事实负有举证责任的当事人（如怀疑孩子非亲生的父亲）主张该证据的内容不利于控制人的，人民法院可以认定该主张成立。但这需要建立在有初步证据怀疑孩子非亲生的基础上，并且法院会综合考虑各种因素来做出判断。
二、实际操作建议
沟通协商：
- 首先，尝试与孩子进行坦诚的沟通，了解其拒绝鉴定的原因。可能是孩子对亲子鉴定有误解，或者担心鉴定结果对家庭关系产生影响。通过沟通，可以消除孩子的顾虑，争取其同意进行鉴定。
寻求专业帮助：
- 如果沟通无果，可以考虑寻求心理咨询师或家庭治疗师的帮助。他们可以提供专业的建议，帮助家庭成员处理情感问题，促进家庭和谐。
收集初步证据：
- 在考虑法律途径之前，尽量收集一些初步证据来支持您的怀疑，如血型不符、外貌特征差异等。但这些证据通常不足以单独作为认定亲子关系的依据，需要结合其他证据和法院的判断。
法律途径：
- 如果怀疑孩子非亲生的情绪非常强烈，且其他途径无法解决问题，可以考虑通过法律途径解决。但请注意，这需要建立在有充分证据的基础上，并且法院会综合考虑各种因素来做出判断。在提起诉讼前，建议咨询专业律师的意见。
三、情感处理建议
保持冷静和理性：
- 在处理这类问题时，保持冷静和理性至关重要。避免情绪化的决策和行为，以免对家庭关系造成进一步伤害。
尊重孩子的意愿：
- 无论最终决定如何，都要尊重孩子的意愿和感受。孩子是无辜的，他们不应该成为家庭矛盾的牺牲品。
寻求家庭支持：
- 在处理这类问题时，寻求家庭其他成员的支持和理解非常重要。他们可以提供情感上的支持和帮助，共同面对困难。
综上所述，怀疑孩子被掉包而孩子不同意做亲子鉴定是一个复杂的问题，需要综合考虑法律、情感和实际操作等多个方面。建议您在处理这类问题时保持冷静和理性，尊重孩子的意愿和感受，并寻求专业帮助和支持。