在您描述的情况下，公司股权在离婚时的分割主要取决于股权的取得时间、是否属于夫妻共同财产以及双方是否有特殊约定等因素，具体如下：

1. 若股权是在婚姻关系存续期间取得：

   • 一般情况下，婚姻关系存续期间取得的财产，除法律另有规定或双方另有约定外，属于夫妻共同财产。因此，您占公司99%的股份，在离婚时原则上应作为夫妻共同财产进行分割。
   • 分割方式可能包括：双方协商确定各自所占的股权比例；或者将股权变现后，对变现所得进行分割；若一方希望保留股权，另一方希望获得经济补偿，也可以协商确定补偿金额。
   • 需要注意的是，如果公司章程或股东协议对股权转让有特殊限制，如需要其他股东同意等，这些限制也可能影响股权的分割方式。

2. 若股权是在婚前取得，但婚后有增值或分红：

   • 婚前取得的股权本身通常不属于夫妻共同财产，但婚后因公司经营产生的增值或分红部分，可能被视为夫妻共同财产。
   • 在这种情况下，离婚时可能只对增值或分红部分进行分割，而股权本身仍归原股东所有。

3. 若双方有特殊约定：

   • 如果双方在婚姻关系存续期间或婚前签订了财产协议，明确约定了公司股权的归属或分割方式，那么离婚时应按照协议执行。
   • 财产协议是双方真实意思的表示，具有法律约束力，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，就应当被认可和执行。

建议：

• 在处理离婚时的股权分割问题时，建议您首先与对方进行协商，尝试达成一致意见。
• 如果协商不成，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决争议。律师会根据具体情况，为您提供专业的法律意见和解决方案。
• 在处理过程中，注意保留相关证据，如公司章程、股东协议、财产协议、股权取得证明等，以便在需要时提供证明。