您好，关于您提出的“公司夫妻两人都有股份，离婚了股份怎么处理”的问题，这是一个涉及婚姻法与公司法交叉领域的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、明确股权性质与归属
婚前取得的股权：
- 如果股权是在婚姻关系成立之前取得的，那么它原则上属于个人财产，不因婚姻关系的延续而转化为夫妻共同财产。
- 但是，如果婚后对这部分股权进行了增值操作，比如投入了更多资金或进行了管理，那么增值部分可能会被视为夫妻共同财产。
婚后取得的股权：
- 在婚姻关系存续期间取得的股权，如果没有特殊约定，通常会被视为夫妻共同财产。
- 需要根据具体情况判断股权的取得是否基于一方或双方的共同努力及贡献。
特殊情况：
- 如果股权是一方接受赠与或继承所得，除非赠与人或遗嘱人明确表示归夫妻双方共同所有，否则应视为一方个人财产。
二、协商处理股权
直接分割股权：
- 双方可以协商一致，将股权按比例分割给各方。但需要注意的是，这种分割方式需要符合《公司法》关于股东人数的规定，特别是有限责任公司股东人数上限为50人。
作价补偿：
- 如果一方希望取得全部股权，那么需要对另一方进行经济补偿。补偿金额应根据股权的实际价值确定，可以通过评估机构进行评估。
转让股权：
- 双方也可以考虑将股权全部或部分转让给第三方，转让所得按夫妻共同财产进行分割。但在这个过程中，需要遵循公司章程及《公司法》的相关规定，特别是其他股东在同等条件下有优先购买权。
三、遵循法律程序与注意事项
签订协议：
- 双方应就股权分割事宜达成一致意见，并签订书面协议。协议内容应包括股权分割方式、比例、补偿金额等关键条款，以确保双方权益得到保障。
公司同意与章程遵守：
- 如果涉及有限责任公司股权分割，需要得到其他股东的同意或放弃优先购买权。同时，分割过程应遵循公司章程的规定，确保合法合规。
工商变更登记：
- 完成股权分割后，应及时办理工商变更登记手续，以确保股权变更的合法性和有效性。
税务处理：
- 股权分割可能涉及个人所得税、印花税等税费问题。建议咨询专业税务顾问以了解具体税务处理方式，避免不必要的税务风险。
四、实际操作建议
证据收集：整理股权取得时间证明（如工商登记资料）、出资凭证等材料，以便在协商或诉讼过程中提供有力证据。
专业评估：委托具备资质的资产评估机构确定股权当前市场价值，为协商或诉讼提供准确依据。
法律咨询：聘请熟悉婚姻法与公司法的律师团队，制定兼顾法律合规性与经济合理性的方案，确保您的权益得到最大程度保障。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。