核心结论：若农村土地被占且已签订不合理协议书，可通过以下途径解决：1. 确认协议效力；2. 协商修改或撤销协议；3. 通过法律途径维权。以下为具体分析：
1. 确认协议效力
- 无效情形：根据《民法典》相关规定，若协议存在以下情形，可主张无效：
- 违反法律强制性规定：如协议内容违反《土地管理法》中关于土地用途、流转限制等规定（例如将耕地转为非农建设用地未获审批）；
- 显失公平或欺诈胁迫：若签订协议时存在一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，导致权利义务明显失衡，或通过欺骗、威胁手段迫使对方签订，可请求法院或仲裁机构撤销；
- 无权处分：若签订协议的主体并非土地合法权利人（如未经共有人同意处分共有土地），协议可能因主体不适格而无效。
- 操作建议：收集协议原件、签订过程证据（如录音、证人证言）、土地权属证明（如承包经营权证、集体土地使用证）等材料，委托律师分析协议效力。
2. 协商修改或撤销协议
- 协商修改：若协议部分条款不合理（如补偿标准过低、期限过长），可与对方重新协商，签订补充协议明确修改内容。需注意：
- 修改后的条款需符合法律规定（如补偿标准不低于当地政府公布的指导价）；
- 双方签字盖章后，补充协议与原协议具有同等效力。
- 协商撤销：若对方同意撤销协议，可签订撤销协议书，明确双方权利义务终止。需注意：
- 撤销协议需双方自愿，不得存在胁迫、欺诈等情形；
- 撤销后，土地应恢复至协议签订前的状态（如返还土地、恢复原状）。
3. 通过法律途径维权
- 行政投诉：若土地被占涉及违法用地（如未经批准占用耕地建房），可向当地自然资源部门举报，要求查处违法行为并恢复土地原状。
- 民事诉讼：
- 确认协议无效/撤销之诉：向法院提起诉讼，请求确认协议无效或撤销协议，并要求对方返还土地、赔偿损失；
- 侵权之诉：若对方实际占用土地且拒绝返还，可主张其构成侵权，要求停止侵害、排除妨碍、赔偿损失。
- 仲裁：若协议中约定了仲裁条款，可向约定的仲裁机构申请仲裁，裁决具有法律效力。
注意事项
- 时效限制：撤销协议的请求需在知道或应当知道撤销事由之日起1年内提出；确认合同无效的请求不受时效限制，但土地被占的侵权赔偿请求需在知道权利受损之日起3年内提出。
- 证据收集：重点收集土地权属证明、协议签订过程证据、对方实际占用土地的证据（如照片、视频、证人证言）等。
- 专业协助：农村土地纠纷涉及土地管理法、民法典等多部法律，建议委托律师起草法律文书、参与谈判或诉讼，以提高维权效率。
若需进一步分析协议内容或制定具体维权方案，可直接向我提供协议文本及相关材料，我将结合具体条款和当地政策给出针对性建议。