针对拒不配合单位纪检部门调查的处理方式，需根据具体情况及单位内部规定、相关法律法规进行综合判断，以下是一些可能的处理方向和建议：

1. 内部纪律处分：

   • 依据：单位内部通常会有明确的规章制度，对于员工拒不配合纪检部门调查的行为，单位有权依据内部规定给予相应的纪律处分。
   • 处理方式：这可能包括警告、记过、降职、撤职甚至开除等，具体取决于行为的严重性和单位的规定。

2. 法律责任：

   • 依据：如果拒不配合调查的行为涉嫌违法，如阻碍国家机关工作人员依法执行职务，那么根据《中华人民共和国治安管理处罚法》或《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能会面临行政处罚或刑事责任。
   • 处理方式：单位纪检部门在发现此类行为后，应及时向公安机关报案，由公安机关依法处理。

3. 沟通与教育：

   • 依据：在采取纪律处分或法律责任之前，单位也可以尝试通过沟通与教育的方式解决问题。
   • 处理方式：纪检部门可以与拒不配合的员工进行谈话，了解其拒不配合的原因，进行法律教育和纪律教育，促使其认识到自己的错误并主动配合调查。

4. 完善调查程序：

   • 依据：单位应确保调查程序的合法性和公正性，避免因为程序不当而导致员工拒不配合。
   • 处理方式：纪检部门在调查过程中应严格遵守相关法律法规和单位内部规定，确保调查程序的合法性和公正性。同时，也可以考虑引入第三方机构或律师进行协助，提高调查的权威性和可信度。

在处理此类问题时，单位应注意以下几点：

• 确保程序合法：在采取任何处理措施之前，单位应确保调查程序的合法性和公正性，避免因为程序不当而引发法律纠纷。
• 尊重员工权益：在处理过程中，单位应尊重员工的合法权益，避免侵犯其人身权、财产权等。
• 及时沟通反馈：单位应及时与员工进行沟通，了解其想法和诉求，并给予合理的反馈和解释。

若员工对单位的处理决定不服，可以采取以下措施：

• 申诉：员工可以向单位内部的上级部门或相关机构提出申诉，要求重新审查处理决定。
• 法律途径：如果员工认为单位的处理决定侵犯了其合法权益，也可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

在实际操作中，每个单位的具体情况可能有所不同，因此处理方式也会有所差异。如果遇到具体问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律建议。