结论：农村征地时村委扣除20%的款项是否合法，不能一概而论，需根据扣除款项的性质、用途以及是否符合相关法律法规和政策规定来判断。以下从多个角度进行分析：

1. 扣除款项的性质与用途：

   • 如果扣除的20%是用于村集体公共设施建设、公益事业或村民福利等，且这些用途符合当地政策规定和村民自治章程，同时扣除比例也经过了村民会议或村民代表会议的讨论和同意，那么这种扣除可能是合法的。
   • 如果扣除的款项用途不明，或者用于非公共利益目的，如村干部个人消费、私分等，那么这种扣除显然是不合法的。

2. 法律法规与政策规定：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关实施条例，农村集体土地被征收时，土地补偿费、安置补助费等应按照法定标准支付给被征地农民和农村集体经济组织。如果村委扣除的款项违反了这些法定标准或程序，那么扣除行为就是违法的。
   • 此外，各地政府可能根据当地实际情况制定了具体的征地补偿安置办法，这些办法中可能对扣除款项的比例、用途等有明确规定。如果村委的扣除行为违反了这些地方性规定，同样也是违法的。

3. 村民自治与民主决策：

   • 农村集体经济组织在处理征地补偿款等集体财产时，应遵循村民自治原则，通过村民会议或村民代表会议等形式进行民主决策。如果扣除20%的款项未经村民会议或村民代表会议讨论同意，或者讨论过程存在违法行为（如操纵会议、虚假投票等），那么这种扣除行为也是不合法的。

建议：

• 如果您对村委扣除的款项有疑问或不满，建议首先查阅当地的相关法律法规和政策规定，了解扣除款项的合法性和合理性。
• 同时，您可以向村委提出询问或质疑，要求村委提供扣除款项的详细清单和用途说明。
• 如果村委无法提供合理的解释或说明，或者您认为扣除行为存在违法行为，您可以向当地乡镇政府或土地管理部门进行投诉和举报，寻求政府部门的帮助和支持。

可能后果：

• 如果村委的扣除行为被认定为违法，那么相关责任人员可能会面临行政处罚或刑事责任追究。
• 同时，被征地的农民和农村集体经济组织也有权要求村委返还被非法扣除的款项，并可能获得相应的赔偿。

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