结论前置：自动离职时，用人单位是否扣除工资及扣除的具体数额，并非由单一因素决定，而是需根据具体情况来综合分析。劳动者正常履行离职手续且无过错时，用人单位不得克扣工资；若因劳动者自身过错导致经济损失或未按规定离职，用人单位有权依法扣除部分工资，但扣除数额须遵守法定限制。
一、不扣工资的情况
- 法律规定：依据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
- 适用情形：劳动者按照法定程序办理离职手续，如正式员工提前30日以书面形式通知，试用期员工提前3日通知，并妥善完成工作交接，用人单位应全额支付工资。
- 实例说明：假设小明按公司规定提前30日提交了书面辞职申请，并完成了所有交接工作，那么离职时公司应全额支付其工资，不得克扣。
二、可能扣工资的情况
因劳动者过错造成损失
- 法律规定：《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
- 扣除限制：每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 实例说明：如果小李因操作失误导致产品报废，给工厂造成了经济损失，那么工厂可按要求从其工资中扣除一定金额用于赔偿，但扣除的数额必须遵守上述限制。
未提前通知且未办理交接
- 法律原则：虽无直接法律规定允许因此扣工资，但若劳动者未提前通知且未办理交接导致用人单位损失，用人单位有权要求赔偿。
- 实际操作：用人单位在核算损失后，可要求劳动者赔偿，赔偿方式可能涉及从工资中扣除，但仍需遵循扣除限制。
- 实例说明：假设小王突然离职且未办理任何交接手续，导致项目延误并给公司造成了损失，那么公司有权要求其赔偿相应损失，可能会从其工资中扣除一部分，但扣除的数额同样需要遵守法定限制。
特殊情况
- 未提前通知离职：劳动者未提前30天提出离职且用人单位无《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条规定的情形（如未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的、未及时足额支付劳动报酬的等），属违法离职。此时，用人单位应全额支付工资，但可要求劳动者承担直接经济损失和招聘费用，扣除仍须遵循限制。
- 公司罚款导致自离：若公司罚款行为合法合理，且符合民主程序制定并已公示的规章制度，员工自离时公司可按规定扣除罚款后发放剩余工资，但需遵守扣除限制。若罚款行为不合法，则不能随意扣工资。
三、维权途径
若用人单位无故克扣工资或违反扣除限制，劳动者可通过以下途径维护权益：
- 劳动仲裁：向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付被克扣的工资。
- 诉讼：如对仲裁结果不满，可向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结与建议：自动离职时工资的扣除情况需根据具体情形判断。用人单位应遵守相关法律法规，确保扣除行为的合法性和合理性；劳动者也应了解自身权益，在必要时采取合法手段维护自身利益。如果你在自动离职后遇到了工资被克扣的问题，且不确定如何处理，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。