结论前置：员工擅自离职时，用人单位不得无故克扣工资。若因员工擅自离职给用人单位造成实际经济损失，用人单位可以要求赔偿，但每月从工资中扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
一、擅自离职不扣工资的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资是劳动者提供劳动的报酬，应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。因此，即使员工擅自离职，用人单位也应当支付其已经付出劳动部分的工资。这是保障劳动者合法权益的基本原则。
二、因擅自离职造成损失时的处理
经济损失的认定与赔偿：
- 若员工擅自离职给用人单位造成了经济损失，如未完成工作交接导致业务受损、数据丢失等，用人单位有权要求员工赔偿。
- 赔偿的金额需有充分证据支持，证明损失的存在及具体数额。例如，因员工擅自离职导致公司项目延期，公司因此损失了合同约定的违约金，这部分违约金就可以作为损失要求员工赔偿。
工资扣除的限制：
- 从员工工资中扣除赔偿金额时，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则用人单位需按最低工资标准支付。
计算公式：
- 每月最多可扣除工资 = 劳动者当月工资 × 20%
- 扣除后剩余工资 = 劳动者当月工资 - 每月最多可扣除工资（若此数值低于当地最低工资标准，则按最低工资标准支付）
实例说明：
- 如员工小李月工资6000元，因擅自离职给公司造成了2000元损失，公司最多可每月从小李工资中扣除1200元（6000×20%）来弥补损失。若当地最低工资标准为1800元，扣除1200元后剩余4800元，高于最低工资标准，因此公司可以扣除1200元。
三、擅自离职工资的计算与支付
- 擅自离职员工的工资应当按照其在用人单位的实际用工天数计算，确保劳动者获得其应得的劳动报酬。
- 用人单位在劳动者离职时，应当为其结清工资。若发现员工有未完成的工作或造成的经济损失，应及时与员工协商解决，并在支付工资时进行相应的处理。
四、劳动者权益保护
投诉与仲裁：
- 如果用人单位无故克扣擅自离职员工的工资，劳动者有权向当地的劳动监察部门进行投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
证据保留：
- 在处理此类争议时，劳动者应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录、离职证明等，以便在需要时提供证明。
五、对用人单位的建议
- 规范离职流程：用人单位应通过制度规范离职流程，如要求员工提前提交书面离职申请，以便有足够的时间进行工作交接和安排。
- 及时办理交接：及时与离职员工办理工作交接手续，以降低因员工擅自离职可能带来的损失。
- 依法主张赔偿：若员工擅自离职给用人单位造成损失，用人单位在依法主张赔偿权利时需保留好相关证据，如损失证明、交接记录等。
综上所述，劳动法对于擅自离职扣工资的问题有明确的规定。在正常情况下，擅自离职员工应获得其已付出劳动部分的工资；若因擅自离职给用人单位造成损失，则用人单位可依法要求赔偿，但赔偿的扣除需遵守法定限制。劳动者和用人单位在处理擅自离职问题时，应遵循法律法规，确保双方权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。