发现农村耕地中有矿石，首先需明确的是，这涉及矿产资源所有权归属及土地用途管理两大核心法律问题，具体处理方式需分情况讨论：

1. 若矿石属于国家已探明并登记的矿产资源
   根据《中华人民共和国矿产资源法》第三条，矿产资源属于国家所有，地表或地下的矿产资源国家所有权不因其所依附的土地所有权或使用权不同而改变。此时，耕地使用者无权自行开采，需立即停止可能破坏土地的行为，并向当地自然资源主管部门（原国土资源局）报告。若擅自开采，可能面临《刑法》第三百四十三条规定的“非法采矿罪”处罚（处三年以下有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金）。

2. 若矿石属于未探明的偶然发现
   即使未被登记，根据《矿产资源法实施细则》第二条，矿产资源定义包括“由地质作用形成的，具有利用价值的，呈固态、液态、气态的自然资源”，耕地中发现的矿石仍属国家所有。正确流程应为：

   • 保护现场，避免破坏土地或矿石；
     
   • 向村委会或乡镇政府报告，由其转报县级自然资源主管部门；
     
   • 等待主管部门组织勘查，确认是否为矿产资源及储量；
     
   • 若确认为矿产资源，国家将依法规划开采，耕地使用者可能获得土地补偿或参与开采的合法机会（需通过招标、拍卖、挂牌等公开方式取得采矿权）。

3. 若涉及土地用途变更
   根据《土地管理法》第四条，国家实行土地用途管制制度，耕地属于农用地，未经批准不得转为建设用地或采矿用地。若需在耕地上采矿，必须同时满足两个条件：

   • 取得采矿许可证（由自然资源主管部门颁发）；
     
   • 办理农用地转用审批手续（由省级政府或国务院批准）。
     未履行上述手续擅自改变土地用途，可能面临《土地管理法》第七十七条的处罚（限期拆除、恢复土地原状，可并处罚款；对直接责任人员依法给予处分）。

温馨提示：实践中，农村耕地发现矿石的情况常伴随村民、村委会、开采企业等多方利益冲突。建议发现者第一时间保留证据（如照片、视频、证人联系方式），并通过合法途径主张权益，避免因私自处理引发法律风险。若有具体情节需要进一步分析，可直接向我提问。