公司规定加班需在企业微信申请，这一规定本身并不违法，但需满足以下条件才具有合法性：

1. 程序合法性
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如加班审批流程），需经民主程序（如职工代表大会讨论）并公示告知劳动者。若公司未履行上述程序，该规定可能因程序瑕疵被认定无效。
   建议：可要求公司出示制度公示证据（如培训记录、签字确认文件），若无法提供则可主张程序违法。

2. 内容合理性

   • 审批权边界：公司有权要求加班审批，但不得滥用权利拒绝合理加班申请（如突发紧急任务）。若公司以“未审批”为由拒付加班费，需证明劳动者存在故意不申请或虚假申请行为。
     
   • 特殊情形豁免：根据《劳动法》第四十二条，发生自然灾害、事故威胁生命健康等紧急情况时，劳动者可不经审批直接加班，公司仍需支付加班费。

3. 加班费支付义务
   即使未通过企业微信申请，只要劳动者能证明实际加班事实（如考勤记录、工作成果、同事证言等），公司仍需按法定标准支付加班费：

   • 工作日加班：≥150%工资
     
   • 休息日加班且未补休：≥200%工资
     
   • 法定节假日加班：≥300%工资
     例外：若公司能证明劳动者“自愿无偿加班”，则无需支付费用，但举证责任在公司。

4. 技术手段的合规性
   企业微信作为审批工具需符合：

   • 数据安全：不得泄露劳动者隐私信息（如加班动机、家庭情况等）；
     
   • 系统稳定性：若因系统故障导致无法申请，公司不得以此为由否认加班事实。

劳动者应对建议：

1. 保留加班证据（如工作邮件、聊天记录、门禁记录等）；
   
2. 若公司拒付加班费，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
   
3. 遇到紧急加班情形时，优先以书面/邮件形式向直属领导报备，保留沟通记录。

公司合规建议：

1. 在制度中明确“紧急加班豁免审批”条款；
   
2. 定期培训HR和部门负责人，避免滥用审批权；
   
3. 保留制度公示和劳动者确认签收的证据。

如有具体案例细节（如公司拒绝支付加班费的理由、加班审批记录等），可进一步向我说明，我会结合证据链分析维权路径。