企业占用农民土地的处理方式需根据土地性质、占用程序合法性等核心前提分情况讨论，以下是具体分析：

1. 若占用程序完全合法（如已依法办理农用地转用审批、征收手续并足额补偿）
   企业占用行为受法律保护，农民需配合交付土地。但若对补偿标准有异议，可依据《土地管理法实施条例》第32条，在收到补偿安置方案公告之日起30日内向县级政府提出协调申请，协调不成可申请裁决或提起行政诉讼。需注意：此时争议焦点是补偿金额而非土地占用合法性。

2. 若占用程序存在瑕疵（如未办理审批手续、未公告补偿方案等）
   农民可采取三重救济路径：

   • 行政投诉：向县级自然资源部门举报企业违法占地（《土地管理法》第77条），要求责令退还土地并处罚款（每平方米100-1000元）；
     
   • 民事索赔：依据《民法典》第238条，以”侵害物权”为由起诉企业，要求恢复原状或赔偿损失（需证明实际损失金额）；
     
   • 刑事控告：若占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上，可向公安机关报案追究企业非法占用农用地罪（《刑法》第342条），最高可处5年有期徒刑。

3. 若涉及”以租代征”等变相占用行为
   此类行为因违反《国务院关于加强土地调控有关问题的通知》中”禁止通过租用农民集体土地进行非农业建设”的强制性规定而无效。农民可主张：

   • 解除土地租赁合同；
     
   • 要求企业返还土地并恢复种植条件；
     
   • 追缴自占用之日起的土地收益（参照当地土地流转价格计算）。

特别提醒：处理此类纠纷需把握三个关键时间节点：

• 发现占用行为后60日内申请政府信息公开，核查用地审批文件；
  
• 收到补偿方案后30日内提出协调申请；
  
• 行政裁决作出后15日内提起行政诉讼。
  

建议农民在采取行动前做好证据固定工作，包括土地承包合同、占用现场照片、补偿协议（如有）等，必要时可申请公证处证据保全。具体操作方案需结合土地性质、占用时间、补偿情况等细节制定，您可提供更多信息以便进一步分析。