“与被申请人之间的权利义务全部结清”这句话，通常意味着双方之间基于某种法律关系（如合同关系）所产生的所有权利和义务都已经履行完毕或达成和解，不再存在任何未了结的争议或纠纷。以下从几个角度为你详细解释：
合同履行完毕的角度：
- 在合同纠纷中，如果双方已经按照合同的约定，全面、适当地履行了各自的义务，比如买方支付了货款，卖方交付了货物，并且双方对合同的履行都没有异议，那么就可以说双方之间的权利义务已经全部结清。
- 这种情况下，合同关系自然终止，双方不再对彼此负有任何合同上的义务。
和解或调解的角度：
- 如果双方在合同履行过程中发生了争议，但通过协商、和解或调解等方式达成了共识，并签订了和解协议或调解协议，明确双方的权利义务已经全部结清，那么这也意味着双方之间的纠纷已经得到解决。
- 和解协议或调解协议通常具有法律效力，一旦签订，双方就应当按照协议的约定履行各自的义务，不得再就同一事项提出争议。
法律后果的角度：
- 当双方之间的权利义务全部结清后，任何一方都不得再就同一法律关系向对方主张权利或要求履行义务。
- 如果一方违反约定，再次提出争议或要求履行义务，另一方有权依据相关法律规定或合同约定，要求其承担违约责任或赔偿损失。
实际应用中的注意事项：
- 在实际操作中，为了确保双方的权利义务确实已经全部结清，建议双方签订书面协议，明确约定双方的权利义务已经履行完毕或达成和解，并注明协议签订后双方不得再就同一事项提出争议。
- 如果涉及金额较大或权利义务关系复杂的合同纠纷，建议咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性，避免后续出现不必要的法律纠纷。
举例说明：
假设A公司与B公司签订了一份买卖合同，约定A公司向B公司购买一批货物，并支付货款。合同履行过程中，A公司支付了货款，但B公司交付的货物存在质量问题。双方经过协商，达成和解协议，约定B公司向A公司退还部分货款作为补偿，并明确双方之间的权利义务已经全部结清。那么，根据和解协议的约定，A公司不得再就货物质量问题向B公司提出争议或要求赔偿。
希望以上解释能对你有所帮助。如果你还有其他关于合同纠纷的问题，欢迎直接向我咨询。