结论前置：病假扣除年终奖金是否合法，主要取决于单位的规章制度以及这些规定是否合法合理。以下从不同角度进行分析：

1. 规章制度有明确规定且合法合理时：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四条和第四十七条，用人单位有权依法制定包括年终奖发放在内的各项规章制度，并自主确定工资分配方式和水平。如果单位在劳动合同、员工手册或其他合法有效的规章制度中明确规定，员工请病假达到一定天数或频次会影响年终奖的发放，并且这些规定已经履行了民主程序（如经过职工代表大会讨论通过）并已向员工公示，那么在符合该规定的情形下，单位扣除年终奖可能是合理合法的。但需注意，这种规定应当遵循合理性原则，不能过于苛刻和不合理。
   • 例子：假设某公司规章制度中明确规定，员工全年病假累计超过30天，将扣除当年年终奖的50%。若某员工全年病假累计达到了35天，那么公司依据该规定扣除其年终奖的50%，这种行为在规章制度合法合理的前提下，是合法的。

2. 规章制度无明确规定或规定不合理时：

   • 如果单位的规章制度中没有明确规定请病假会导致年终奖扣除，或者规定的内容违反了国家法律法规和劳动政策，如过度限制劳动者权利、侵犯劳动者合法权益等，那么单位仅以请病假为由扣除年终奖是不合理且不合法的。这种行为侵害了劳动者的合法权益。
   • 例子：若某公司规章制度中未提及病假与年终奖的关系，但公司却以员工请病假为由扣除其年终奖，这种行为就缺乏合法依据，是不合法的。

3. 劳动者权益保护：

   • 劳动者在享受公司提供的福利时，应当受到公平、公正、合理的对待。如果劳动者认为单位扣除年终奖的行为不合理不合法，可以先与单位进行协商沟通，尝试解决问题。
   • 若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。同时，劳动者也应了解自己的权利和义务，遵守单位的规章制度，避免不必要的纠纷。

法律建议：

• 对于单位而言，建议在制定规章制度时明确年终奖的发放条件和扣除标准，并确保这些内容合法、合理、透明。同时，应加强对员工的宣传和培训，让员工了解并遵守相关规定。
• 对于劳动者而言，建议在请假前详细了解并遵守单位的规章制度中关于年终奖的规定。如果发现自己的权益受到侵害，应及时采取措施维护自己的合法权益，如与单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等。

法律依据：

• 《中华人民共和国劳动法》第四条：用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。
• 《中华人民共和国劳动法》第四十七条：用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。
• 《中华人民共和国劳动合同法》第四条：用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。

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