公司应明确禁止项目经理此类违法行为，并立即采取措施纠正，包括但不限于返还员工被扣款项、对项目经理追责，同时完善内部管理机制避免类似事件再次发生。具体分析如下：

1. 项目经理行为性质
   根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致方可变更劳动合同内容（包括工资）。项目经理单方面以“降低工资”为由要求员工退钱，属于违法克扣工资行为，可能同时涉及《劳动法》第五十条“禁止克扣或无故拖欠劳动者工资”的强制性规定。若员工未书面同意降薪，公司需承担违法责任。

2. 公司应对措施

   • 立即纠正违法行为：要求项目经理全额返还已扣款项，并向员工书面道歉；
     
   • 内部追责：依据公司规章制度对项目经理进行处分（如警告、降职、解除劳动合同），若其行为造成公司损失（如劳动仲裁赔偿），可要求其承担赔偿责任；
     
   • 完善管理机制：
     
     • 明确工资调整需经公司人力资源部门与员工书面协商一致，禁止部门负责人私自操作；
       
     • 建立工资发放复核制度，确保每笔扣款均有合法依据（如考勤记录、绩效扣分等）；
       
     • 定期开展劳动法培训，强化管理者合规意识。

3. 员工维权路径
   若公司未及时处理，员工可：

   • 向当地劳动监察大队投诉（时效2年内），要求公司补发工资并加付赔偿金（50%-100%）；
     
   • 申请劳动仲裁，主张违法克扣工资、被迫解除劳动合同的经济补偿金（N个月工资）；
     
   • 若涉及金额较大或情节恶劣（如伪造考勤），可向公安机关报案追究项目经理职务侵占罪刑事责任。

建议：公司应主动排查是否存在其他类似违规行为，必要时委托律师进行劳动用工合规审计，从源头规避法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。