针对您描述的情况，小偷偷了您三千多元却只承认偷了一百元且不归还，您可以采取以下措施来维护自己的权益：

1. 收集证据：

   • 监控录像：如果盗窃行为发生在有监控的地方，如商场、街道或您家中安装了摄像头，应尽快调取并保存相关录像作为证据。
   • 证人证言：寻找目击者或了解情况的人，获取他们的证言以支持您的主张。
   • 其他物证：如小偷留下的指纹、遗留物品等，也可能成为关键证据。

2. 报警处理：

   • 立即报案：向当地公安机关报案，详细陈述被盗经过、被盗物品及金额，并提供您收集到的所有证据。
   • 配合调查：积极配合警方的调查工作，包括提供线索、协助辨认嫌疑人等。

3. 法律途径：

   • 刑事诉讼：如果警方能够立案并抓获小偷，案件将进入刑事诉讼程序。在诉讼过程中，您作为被害人有权参与，并可以提出自己的诉求，如要求小偷退还被盗财物、赔偿损失等。
   • 民事诉讼：如果刑事诉讼无法完全解决您的问题，或者您希望更快地获得赔偿，可以考虑提起民事诉讼。在民事诉讼中，您需要提供充分的证据证明小偷的盗窃行为以及被盗财物的价值，然后要求法院判决小偷承担相应的民事责任。

4. 关于小偷不承认盗窃金额的问题：

   • 证据为王：在法律程序中，证据是决定案件走向的关键因素。如果您能够提供充分的证据证明被盗财物的实际价值，那么小偷的否认将难以成立。
   • 法律推定：在某些情况下，如果小偷无法合理解释其持有的财物来源，且该财物与被盗财物相符，法院可能会根据法律规定推定小偷实施了盗窃行为，并据此判决其承担相应的法律责任。

5. 后续行动建议：

   • 保持沟通：与警方保持密切联系，及时了解案件进展情况，并根据需要提供进一步的协助。
   • 咨询专业律师：在处理此类案件时，咨询专业律师的意见是非常重要的。律师可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议，帮助您更好地维护自己的权益。

针对您可能关心的赔偿问题，如果小偷被判有罪，您有权要求其退还被盗财物或赔偿相应损失。赔偿金额的计算通常基于被盗财物的实际价值以及因此产生的其他损失（如交通费、误工费等）。在民事诉讼中，法院会根据您提供的证据和法律规定来判决赔偿金额。

最后，我建议您保持冷静，积极采取措施维护自己的权益。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。