结论：物业公司退出小区多年后，是否还可以向法院起诉三年的物业费，需根据具体情况判断，主要涉及诉讼时效和合同履行情况两方面因素。以下从这两个角度进行详细分析：
一、诉讼时效角度
诉讼时效期间：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
诉讼时效中断与重新计算：
- 如果在物业公司退出小区后的三年内，存在诉讼时效中断的情形（如物业公司曾向业主催缴物业费，业主承诺支付等），则诉讼时效期间会重新计算。
- 若不存在诉讼时效中断的情形，且物业公司未在三年内提起诉讼，则可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。但需注意，诉讼时效届满后，物业公司仍有权起诉，只是业主可以提出诉讼时效抗辩，法院将不再保护其胜诉权。
特殊情况：
- 如果物业公司能够证明其在退出小区后，因不可抗力或其他正当理由无法及时行使权利，导致诉讼时效中止的，可以在中止原因消除之日起六个月内继续行使权利。
二、合同履行情况角度
物业服务合同的有效性：
- 如果物业服务合同在物业公司退出小区时仍然有效，且业主未按照合同约定支付物业费，则物业公司有权依据合同要求业主支付。
合同终止后的义务：
- 物业服务合同终止后，物业公司仍需履行一定的后合同义务，如移交相关资料、协助业主委员会处理后续事宜等。但这些义务与物业费的支付无直接关联。
- 如果业主在合同终止后仍享受了物业公司提供的某些服务（如临时保安、清洁等），且这些服务属于原合同范围内的延伸服务，则业主可能仍需支付相应的费用。但这种情况需具体分析合同条款和实际情况。
业主的抗辩权：
- 业主在面对物业公司的物业费诉求时，可以提出抗辩，如物业公司未按照合同约定提供服务、服务存在瑕疵等。如果业主能够证明这些抗辩事由成立，则可能无需支付全部或部分物业费。
综合建议
对于物业公司：
- 如果认为业主拖欠物业费，且未超过诉讼时效期间，应及时向法院提起诉讼，以维护自身合法权益。
- 在提起诉讼前，应收集好相关证据，如物业服务合同、催缴记录、服务记录等，以证明业主的欠费事实和物业公司的服务情况。
对于业主：
- 如果认为物业公司未按照合同约定提供服务或服务存在瑕疵，可以提出抗辩，并收集好相关证据以支持自己的主张。
- 如果确实拖欠物业费，且无法提出有效的抗辩事由，应考虑与物业公司协商解决，以避免不必要的法律纠纷。
最后，由于每个案件的具体情况不同，涉及的法律问题也可能较为复杂。因此，在处理此类纠纷时，建议双方咨询专业律师，以便更准确地了解自身权利和义务，并制定出合理的解决方案。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。