结论：判决公司承担担保责任的判决生效后，小股东一般不能直接主张担保无效，但在特定情形下，小股东可以通过合法途径寻求救济。以下从不同角度进行分析：
一、判决生效后的法律效果
判决公司承担担保责任的判决生效后，该判决具有既判力，即对于判决所确定的法律关系和事实，当事人不得再行争议。这意味着，在一般情况下，小股东不能直接主张担保无效，因为这相当于对已经生效判决的否定。
二、小股东主张担保无效的途径
尽管判决具有既判力，但小股东在特定情形下仍有可能通过合法途径主张担保无效或寻求救济：
提起第三人撤销之诉：
- 条件：如果小股东因不可归责于本人的事由未参加诉讼，但有证据证明发生法律效力的判决、裁定、调解书的部分或者全部内容错误，损害其民事权益的，可以自知道或者应当知道其民事权益受到损害之日起六个月内，向作出该判决、裁定、调解书的人民法院提起诉讼。
- 分析：在此情形下，小股东需要提供充分证据证明判决存在错误，且该错误损害了其民事权益。如果担保合同确实存在无效情形（如违反法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形），且小股东能够证明这一点，那么其有可能通过第三人撤销之诉来寻求救济。
申请再审：
- 条件：如果小股东认为判决存在法定再审事由（如原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的，或者据以作出原判决、裁定的法律文书被撤销或者变更的等），可以向上一级人民法院申请再审。
- 分析：申请再审的难度较大，需要满足严格的法定条件。小股东需要仔细审查判决，寻找可能存在的再审事由，并准备充分的证据来支持其申请。
通过公司内部治理机制寻求救济：
- 条件：如果小股东认为担保行为损害了公司利益，且公司内部治理机制（如股东会、董事会等）能够发挥作用，小股东可以尝试通过这些机制来寻求救济。
- 分析：这通常涉及对公司决策程序的审查和对相关责任人员的追责。小股东可以提议召开股东会或董事会，对担保行为进行审议和表决，或者要求公司对相关责任人员进行追责。
三、实际操作中的注意事项
- 证据收集：小股东在主张担保无效或寻求救济时，必须注重证据的收集和保存。这包括担保合同、公司决策程序的相关文件、其他股东或董事的意见等。
- 法律程序：小股东需要了解并遵守相关的法律程序，如提起诉讼的时效、申请再审的条件等。必要时，可以寻求专业律师的帮助来确保程序的合法性和有效性。
- 风险评估：在采取行动之前，小股东需要对可能面临的风险进行评估。这包括诉讼成本、时间成本、以及可能对公司和其他股东产生的影响等。
建议：判决公司承担担保责任的判决生效后，小股东一般不能直接主张担保无效。但在特定情形下，如存在法定再审事由或能够通过公司内部治理机制寻求救济时，小股东仍有可能通过合法途径来维护自己的权益。如果你作为小股东面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况制定合适的策略。