针对双方未登记结婚但有两个孩子的情况，孩子的抚养权判决主要依据孩子的最佳利益原则，同时会综合考虑双方的经济条件、生活环境、教育背景以及孩子的年龄和性别等因素。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
孩子的最佳利益原则：
- 法院在判决抚养权时，首要考虑的是孩子的最佳利益。这包括孩子的生活环境、教育条件、身心健康以及与父母的情感联系等。
- 法院会评估双方谁能提供更稳定、更有利的生活环境，以及谁能更好地满足孩子的成长需求。
双方的经济条件：
- 经济条件是法院考虑的重要因素之一。法院会评估双方的经济状况，包括收入、财产以及负债情况，以确定谁能更好地承担抚养孩子的经济责任。
- 如果一方经济条件明显优于另一方，且能提供更好的生活和教育条件，那么这一方在抚养权判决中可能会占据优势。
孩子的生活环境和教育背景：
- 法院会考虑孩子目前的生活环境，包括居住地点、学校、社区等，以及双方的教育背景，以判断谁能提供更适合孩子成长的环境。
- 如果一方能提供更稳定、更有利于孩子成长的生活环境，或者具有更丰富的教育资源和经验，那么这一方在抚养权判决中可能会更有利。
孩子的年龄和性别：
- 孩子的年龄和性别也可能影响抚养权的判决。例如，对于年幼的孩子，法院可能更倾向于判决给母亲，因为母亲通常能提供更细致的照顾。
- 但这并不是绝对的，法院会综合考虑所有因素，以确定最符合孩子最佳利益的抚养安排。
双方的抚养意愿和能力：
- 法院会评估双方的抚养意愿和能力，包括是否愿意承担抚养责任、是否有能力照顾孩子以及是否能与孩子建立良好的亲子关系等。
- 如果一方表现出更强烈的抚养意愿和更好的抚养能力，那么这一方在抚养权判决中可能会更有利。
在具体实践中，法院可能会采取以下措施：
- 如果双方能够协商达成一致，法院会尊重双方的意愿，并据此作出判决。
- 如果双方无法协商达成一致，法院会进行调解，试图找到一个双方都能接受的解决方案。
- 如果调解无果，法院将根据上述因素进行综合评估，并作出判决。判决可能包括一方获得抚养权，另一方支付抚养费；或者双方共同抚养孩子，但具体安排可能因情况而异。
建议：
- 在处理此类问题时，建议双方保持冷静和理性，尽量通过协商或调解解决争议。
- 如果无法协商或调解成功，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以了解自己的权利和义务，并准备充分的证据来支持自己的主张。
最后，每个家庭的情况都是独特的，因此法院的判决也会因情况而异。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。