针对高速公路收费员侵吞通行费的行为，可按照以下步骤处理，具体分为刑事追责、民事追偿、内部管理三个层面：

1. 刑事追责：涉嫌职务侵占罪或贪污罪

• 法律定性：若收费员利用职务便利，将本单位财物（通行费）非法占为己有，数额达到6万元以上（各地标准可能略有差异），可能构成《刑法》第271条的职务侵占罪；若收费员属于国家工作人员（如受国有单位委托管理国有财产），则可能构成《刑法》第382条的贪污罪。
• 处理流程：
  1. 报案：向当地公安机关经侦部门或监察委（如涉及国家工作人员）提交证据（如监控录像、账目记录、证人证言等），要求立案侦查。
  2. 刑事强制措施：公安机关可对嫌疑人采取刑事拘留、逮捕等措施。
  3. 移送审查起诉：侦查终结后，案件移送检察院审查起诉，最终由法院判决。
• 量刑标准：
  • 职务侵占罪：数额较大（6万-100万）处3年以下有期徒刑；数额巨大（100万以上）处3-10年有期徒刑。
  • 贪污罪：根据数额和情节，最高可处无期徒刑或死刑（如数额特别巨大且情节特别严重）。

2. 民事追偿：要求返还财产并赔偿损失

• 法律依据：根据《民法典》第122条，收费员因侵权行为获得利益，单位有权要求其返还侵占的通行费，并赔偿因侵占行为导致的损失（如利息、调查费用等）。
• 处理流程：
  1. 发送律师函：委托律师向收费员发送正式函件，要求限期返还财产并赔偿。
  2. 提起民事诉讼：若对方拒不履行，可向法院起诉，要求判决返还财产并赔偿损失。
  3. 执行程序：胜诉后，若对方仍不履行，可申请法院强制执行（如冻结银行账户、查封财产等）。

3. 内部管理：完善制度与追责机制

• 单位责任：
  1. 内部调查：立即启动内部审计，核实侵吞金额、时间、方式等，固定证据。
  2. 纪律处分：根据单位规章制度（如《员工手册》），对涉事收费员予以辞退、扣发奖金等处分。
  3. 制度完善：加强收费流程监管（如双人核对、定期抽查账目）、安装监控设备、定期轮岗，防止类似事件再次发生。
• 行业监管：若涉及高速公路运营企业，可向交通主管部门报告，推动行业整顿。

4. 特殊情形：共犯或上下游犯罪

• 若存在其他人员协助侵吞（如财务人员伪造账目、司机配合逃费），可能构成共同犯罪，需一并追究刑事责任。
• 若收费员将侵吞资金用于行贿、洗钱等，可能涉及其他罪名，需数罪并罚。

建议：立即固定证据（如监控录像、账目记录、证人证言），委托律师协助处理刑事报案、民事诉讼及内部追责，最大限度挽回损失并防范风险。如有进一步细节（如涉案金额、是否已报警等），可向我补充说明，以便提供更精准的建议。