针对您提出的“运输假烟不起诉的案件怎么处理”这一问题，这实际上涉及到了法律程序中一个相对特殊且复杂的环节。首先，需要明确的是，不起诉并不意味着行为完全合法或不受任何处理，而是指检察机关在审查案件后，认为不符合起诉条件或认为不需要追究刑事责任而作出的决定。以下是对此问题的详细解析：

一、不起诉的可能情形

1. 证据不足：如果检察机关认为现有证据不足以证明运输者明知是假烟或不足以支持起诉，可能会作出不起诉决定。
2. 情节轻微：对于情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，或者犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察机关也可能决定不起诉。
3. 其他法定情形：如运输者具有自首、立功等法定从轻、减轻或免除处罚情节，且检察机关认为不需要追究刑事责任的，也可能作出不起诉决定。

二、不起诉后的处理方式

1. 行政处罚：即使检察机关决定不起诉，运输假烟的行为仍然可能违反行政法规。根据《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》等相关规定，相关部门可以对运输者进行行政处罚，包括没收违法所得和非法财物、罚款等。
2. 教育训诫：对于情节轻微、不构成犯罪但违反社会治安管理的行为，公安机关或相关部门可能会对运输者进行教育训诫，以警示其不再从事类似违法行为。
3. 民事赔偿：如果运输假烟的行为给消费者或其他合法经营者造成了损失，受害者有权要求运输者进行民事赔偿。

三、对运输者的建议

1. 加强法律意识：运输者应充分了解并遵守相关法律法规，确保不参与任何违法运输行为。
2. 核实货物合法性：在承接运输任务时，务必核实货物的合法性，包括货物的来源、性质等，以避免因不知情而卷入违法活动。
3. 积极配合调查：如果因某种原因被卷入运输假烟的案件中，运输者应积极配合相关部门的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据，以争取从轻或减轻处理。

四、法律后果的严肃性

需要强调的是，即使检察机关决定不起诉，运输假烟的行为仍然可能受到行政处罚或其他法律后果。此外，如果运输者明知是假烟而仍然进行运输，且情节严重或特别严重，即使检察机关最初决定不起诉，也可能在后续审查或复议过程中被撤销不起诉决定并提起公诉。

综上所述，运输假烟不起诉的案件并不意味着运输者可以完全免受处理。根据具体情况，运输者可能仍需面临行政处罚、教育训诫或民事赔偿等法律后果。因此，建议所有从事运输活动的人员严格遵守相关法律法规，确保不参与任何违法运输行为。