公司经理主导虚开资金回流，需要承担的责任主要包括刑事责任和可能的行政责任，具体分析如下：
一、刑事责任
虚开增值税专用发票罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条的规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
- 公司经理作为直接负责的主管人员，如果主导虚开资金回流，且虚开的税款数额达到上述标准，将依法承担相应的刑事责任。
其他相关犯罪：
- 如果虚开资金回流的行为还涉及其他犯罪，如洗钱罪、诈骗罪等，公司经理也可能根据具体案情被追究相应的刑事责任。
二、行政责任
税务行政处罚：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条的规定，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 公司经理主导虚开资金回流，如果导致公司不缴或者少缴税款，税务机关将对公司进行税务行政处罚，同时，作为直接负责的主管人员，公司经理也可能受到相应的行政处罚，如罚款、禁止担任相关职务等。
市场监管行政处罚：
- 如果虚开资金回流的行为违反了市场监管方面的法律法规，如《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国反不正当竞争法》等，公司经理也可能受到市场监管部门的行政处罚，如警告、罚款、吊销营业执照等。
三、其他责任
民事赔偿责任：
- 如果虚开资金回流的行为给公司或其他股东造成了损失，公司经理可能需要承担民事赔偿责任，赔偿公司或其他股东因此遭受的损失。
职业声誉损害：
- 虚开资金回流的行为一旦曝光，将对公司经理的职业声誉造成严重损害，可能影响其未来的职业发展。
法律建议：
- 公司经理应严格遵守国家法律法规，不得主导或参与虚开资金回流等违法行为。
- 如果公司经理发现公司存在虚开资金回流等违法行为，应立即向相关部门报告，并积极配合调查处理。
- 公司应建立健全内部控制制度，加强对财务活动的监督和管理，防止虚开资金回流等违法行为的发生。
总结来说，公司经理主导虚开资金回流将承担严重的法律责任，包括刑事责任、行政责任以及可能的民事赔偿责任和职业声誉损害。因此，公司经理应严格遵守法律法规，维护公司的合法经营和良好声誉。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。