结论：若入股协议中明确约定经营满五年乙方有权退出，而乙方在满足条件后未选择退出，那么后续的处理方式主要取决于协议中的具体约定以及双方协商的结果。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、协议有明确后续处理方式的情况
协议继续履行：
- 如果协议中明确规定了乙方在经营满五年后未选择退出时，协议应继续履行，那么双方应继续按照原协议的约定履行各自的义务。
- 这种情况下，乙方继续享有其作为股东的权利，并承担相应的义务，如参与公司管理、分享公司利润等。
协议有特别约定：
- 协议中可能还规定了其他特别条款，如乙方未退出时的股权处理方式、是否享有额外的权益或承担额外的义务等。
- 双方应严格按照协议中的特别约定执行，以确保协议的合法性和有效性。
二、协议未明确后续处理方式的情况
双方协商：
- 如果协议中未明确规定乙方在经营满五年后未选择退出时的处理方式，那么双方应首先通过协商来解决问题。
- 协商的内容可以包括乙方是否继续作为股东、股权的转让或稀释、公司未来的发展方向等。
- 双方应本着公平、公正、互利的原则进行协商，以达成一致意见并签订补充协议。
参考相关法律法规：
- 在协商无果的情况下，双方可以参考《公司法》等相关法律法规来处理纠纷。
- 根据《公司法》的规定，股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。如果乙方希望退出但协议未明确规定，且其他股东同意受让其股权，那么可以通过股权转让的方式实现乙方的退出。
- 如果双方无法就股权转让达成一致意见，且乙方坚持要退出，那么可能需要通过诉讼或仲裁等法律途径来解决纠纷。但这种情况通常较为复杂且耗时较长，因此建议双方尽量通过协商来解决问题。
公司章程或股东会决议：
- 如果公司章程或股东会决议中有关于股东退出的相关规定，那么双方也可以参考这些规定来处理纠纷。
- 公司章程或股东会决议是公司内部的重要文件，对股东具有约束力。如果其中规定了股东在特定条件下的退出方式或程序，那么双方应按照这些规定执行。
三、建议与注意事项
完善协议条款：
- 为了避免类似纠纷的发生，建议在签订入股协议时尽量完善相关条款，明确约定股东在各种情况下的权利和义务以及退出机制。
- 协议条款应具体、明确、具有可操作性，以确保双方在履行协议过程中有明确的依据和指引。
及时沟通协商：
- 在协议履行过程中，双方应保持及时沟通协商，共同解决可能出现的问题和纠纷。
- 通过沟通协商可以增进双方的理解和信任，有助于维护公司的稳定和发展。
寻求法律帮助：
- 如果双方在处理纠纷过程中遇到法律难题或无法达成一致意见，建议及时寻求专业律师的帮助。
- 律师可以提供专业的法律意见和建议，帮助双方更好地维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。