公司转租厂房在税务上是合法的，但需满足一定条件并履行相应税务义务。以下从不同角度为你详细分析：
一、税务合法性的基本前提
公司转租厂房，本质上是一种租赁行为，其税务合法性主要取决于是否依法履行了税务登记、申报和缴纳税款等义务。只要公司按照税法规定，对转租收入进行正确的税务处理，就是合法的。
二、税务处理的具体要点
增值税：
- 公司转租厂房，如果属于增值税应税范围（如一般纳税人出租不动产），则需要按照规定的税率（如9%）计算缴纳增值税。
- 如果公司是小规模纳税人，则可能享受增值税减免政策，如月销售额未超过一定标准（如10万元）的，免征增值税。
企业所得税：
- 公司转租厂房取得的收入，应计入企业的应纳税所得额，按照企业所得税法规定的税率（如25%）计算缴纳企业所得税。
- 同时，公司可以依法扣除与转租行为相关的成本、费用等，以降低应纳税所得额。
房产税：
- 根据房产税的相关规定，房产出租的，以房产租金收入为房产税的计税依据，税率为12%。
- 公司作为转租方，如果其从承租方收取的租金高于其向原出租方支付的租金，则差额部分应作为房产税的计税依据。
印花税：
- 公司转租厂房签订的租赁合同，属于印花税应税凭证，应按照租赁金额的千分之一贴花。
三、合法转租的注意事项
- 签订书面合同：公司转租厂房时，应与承租方签订书面租赁合同，明确双方的权利义务，包括租金、租期、违约责任等。
- 办理税务登记：公司应依法办理税务登记，确保税务信息的准确性和完整性。
- 按时申报纳税：公司应按照税法规定，按时申报并缴纳各项税款，避免因逾期申报或缴纳而产生的税务风险。
- 保留相关凭证：公司应妥善保管与转租行为相关的凭证，如租赁合同、租金收据、税务发票等，以备税务机关查验。
四、违法转租的税务风险
如果公司未依法履行税务义务，如未进行税务登记、未按时申报纳税或偷逃税款等，将面临税务机关的处罚，包括补缴税款、加收滞纳金、罚款等。在严重情况下，还可能涉及刑事责任。
建议：公司在转租厂房时，应充分了解并遵守相关税法规定，确保税务处理的合法性和合规性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和指导。