针对您提出的“因历史原因农村房子一部分合法一部分不合法怎么办”的问题，我的结论是：您需要根据具体情况，采取不同的处理方式，包括补办手续、拆除违法部分或接受处罚等。以下是我从不同角度为您详细分析的情况：
一、合法部分与不合法部分的界定
首先，需要明确的是，农村房子的合法与不合法部分，通常是根据土地管理、城乡规划等相关法律法规来界定的。合法部分一般是指符合土地利用总体规划、城乡规划，且已经取得相关审批手续（如宅基地使用权证、建设工程规划许可证等）的建筑部分。而不合法部分则可能包括未经审批擅自建设的、超出审批范围的、违反规划要求的建筑部分。
二、处理方式
补办手续：
- 如果不合法部分是由于历史原因造成的，且现在符合相关规划要求，您可以尝试向当地相关部门申请补办审批手续。这通常需要提供土地权属证明、建设工程规划许可申请等相关材料，并按照规定的程序进行申请。
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。因此，如果您的建筑部分尚可改正，且符合规划要求，补办手续是一个可行的选择。
拆除违法部分：
- 如果不合法部分严重违反了相关规划要求，或者无法补办审批手续，那么您可能需要考虑拆除违法部分。这通常是在相关部门发出拆除通知后，您需要按照要求进行拆除。
- 法律依据：同样根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。因此，如果您的建筑部分无法改正，拆除可能是必要的。
接受处罚并保留建筑：
- 在某些情况下，即使建筑部分不合法，但考虑到历史原因、社会影响等因素，相关部门可能会选择对您进行处罚（如罚款），并允许您保留建筑部分。这通常是在建筑部分对规划实施影响较小，且您愿意接受处罚的情况下发生的。
- 实际操作：这种情况下，您需要与相关部门进行沟通，了解具体的处罚标准和保留建筑的条件，并按照要求进行操作。
三、建议与注意事项
及时咨询当地相关部门：
- 由于农村房子的合法与不合法部分涉及多个法律法规和政策文件，且不同地区的具体执行标准可能存在差异。因此，我建议您及时咨询当地土地管理、城乡规划等相关部门，了解具体的处理方式和要求。
保留相关证据和材料：
- 在处理过程中，您需要保留好与房子建设、审批相关的所有证据和材料，如土地权属证明、建设工程规划许可申请、审批文件等。这些材料将有助于您证明房子的合法部分，并在处理不合法部分时提供有力的支持。
谨慎处理，避免扩大损失：
- 在处理不合法部分时，您需要谨慎操作，避免因为处理不当而扩大损失。例如，在拆除违法部分时，您需要确保拆除过程的安全和合法，避免对合法部分造成损害。
如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供更详细、更专业的法律建议。