结论：公司控股股东以公司名义借款用于填补其已经挪用的资金，公司通常是需要承担责任的，但具体责任形式和范围需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、公司可能承担的责任类型
表见代理或职务行为下的责任：
- 如果控股股东在借款时，以公司名义进行，且相对方（如银行或其他贷款人）有理由相信该行为是公司的真实意思表示（例如，控股股东持有公司公章、法定代表人身份证明等文件），那么根据《民法典》中关于表见代理或职务行为的规定，公司可能需要承担还款责任。
- 在这种情况下，即使控股股东实际上是将借款用于填补其个人挪用的资金，公司也可能因相对方的善意信赖而承担责任。
公司内部治理结构失效导致的责任：
- 如果公司内部治理结构存在缺陷，如董事会、监事会未能有效监督控股股东的行为，导致控股股东能够轻易地以公司名义借款并挪用资金，那么公司可能因内部治理失效而承担一定的管理责任或连带责任。
- 这种情况下，公司可能需要通过内部整改、加强监督机制等方式来防止类似事件的再次发生，并可能需要对受损方进行一定的赔偿。
刑事责任与民事责任的交叉：
- 如果控股股东的行为构成挪用资金罪等刑事犯罪，公司虽然不是刑事责任的主体，但可能因控股股东的犯罪行为而遭受经济损失，并需要向受损方（如公司债权人）承担民事赔偿责任。
- 在刑事诉讼过程中，公司可能需要配合调查，提供相关证据，并可能因控股股东的犯罪行为而面临声誉损害等间接损失。
二、公司可能减轻或免除责任的情况
相对方明知或应知控股股东挪用资金：
- 如果相对方在借款时明知或应知控股股东将借款用于填补其个人挪用的资金，而非公司正常经营需要，那么公司可能可以主张相对方非善意，从而减轻或免除公司的还款责任。
- 但这种情况下，公司需要提供充分的证据证明相对方的明知或应知状态，这可能存在一定的举证难度。
公司及时采取补救措施：
- 如果公司在发现控股股东挪用资金后，及时采取了补救措施，如向公安机关报案、追回被挪用的资金、与相对方协商解决等，那么公司可能可以减轻或免除部分责任。
- 这取决于公司采取补救措施的及时性、有效性和相对方的接受程度等因素。
三、法律建议
加强公司内部治理：
- 公司应建立健全内部治理结构，加强董事会、监事会的监督职能，防止控股股东滥用权力。
- 定期对公司财务状况进行审计，及时发现并纠正控股股东的不当行为。
谨慎对待借款行为：
- 公司在借款时，应严格审查借款用途和还款来源，确保借款用于公司正常经营需要。
- 与相对方签订借款合同时，应明确借款用途、还款期限、利率等条款，并保留相关证据。
及时寻求法律帮助：
- 如果公司发现控股股东存在挪用资金等违法行为，应及时向公安机关报案，并寻求专业律师的法律帮助。
- 律师可以协助公司收集证据、制定应对策略，并代表公司参与诉讼或仲裁程序。
总结：公司控股股东以公司名义借款用于填补其已经挪用的资金，公司通常是需要承担责任的。但具体责任形式和范围需根据实际情况判断，包括相对方的善意状态、公司内部治理结构的有效性、公司是否及时采取补救措施等因素。因此，公司在面对此类情况时，应谨慎对待借款行为，加强内部治理，并及时寻求法律帮助以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。