核心结论：农村自建房合同中未明确约定包物料的情况下，需根据合同条款解释、双方实际履行情况、法律规定及补充协商等角度综合处理。以下是具体分析：

1. 合同条款解释与补充

• 合同漏洞填补：若合同未明确约定物料供应方，属于合同条款不完备。根据《民法典》第五百一十条，双方可协议补充；无法达成补充协议的，按照合同相关条款或交易习惯确定。例如，若当地农村自建房惯例通常由承包方包工包料，可主张按此履行。
• 合同目的解释：若合同标题或内容隐含“包工包料”意图（如约定“总价包干”），可结合合同目的解释条款。例如，若承包方报价明显低于市场单独包工价格，可能推定其包含物料成本。

2. 实际履行情况的影响

• 履行行为推定：若一方已实际履行物料供应（如承包方自行采购材料并用于施工），可视为双方以行为变更合同约定。此时，未提出异议的一方可能被认定为接受该履行方式。
• 举证责任：主张对方应供应物料的一方需提供证据（如采购发票、施工记录、沟通记录等），证明双方默认由某方负责物料。

3. 法律规定的适用

• 承揽合同规则：农村自建房合同通常属于承揽合同。根据《民法典》第七百七十条，承揽人（承包方）完成工作需自行提供工具及材料，除非定作人（房主）另行约定。若合同未明确排除，可能推定承包方包料。
• 建设工程合同例外：若自建房规模较大（如三层以上），可能被认定为建设工程合同，适用《建筑法》及《建设工程质量管理条例》。此时，物料供应责任需根据施工资质、合同约定及行业规范综合判断。

4. 风险防范与补救措施

• 补充协议：建议双方签订书面补充协议，明确物料品牌、规格、价格及供应方，避免后续纠纷。
• 质量责任约定：无论由哪方供应物料，均需在合同中约定质量标准及验收程序。例如，若房主自行采购材料，承包方仍需对施工质量负责，但可免除材料质量责任。
• 付款方式调整：若承包方包料，可约定分期付款与物料进场挂钩；若房主供料，可明确承包方仅收取人工费，避免重复计价。

5. 纠纷解决路径

• 协商调解：优先通过村委会、乡镇司法所等基层组织调解，降低维权成本。
• 诉讼仲裁：若协商无果，可向法院起诉或依据合同约定申请仲裁。诉讼中需重点举证合同约定、履行情况及损失金额（如物料差价、返工费用等）。

建议：立即与对方核对合同履行情况，收集相关证据（如报价单、沟通记录、物料票据等），并根据实际需求选择补充协议或法律途径解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。