结论：村社区集体房屋20年租期满了再免费经营3年是否合法，需根据具体情况判断，包括租赁合同的具体条款、当地政策规定以及是否经过法定程序等。以下从不同角度进行分析：

1. 租赁合同条款：

   • 如果原租赁合同中明确约定了租期届满后承租人有权免费经营一段时间，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么这种安排是合法的。
   • 如果原租赁合同中没有此类约定，或者约定不明确，那么租期届满后，承租人继续使用房屋通常需要与出租人重新协商并签订新的租赁合同或补充协议。在这种情况下，免费经营3年的安排需要双方达成一致意见，并明确写入新的合同或协议中。

2. 当地政策规定：

   • 某些地区可能对集体房屋的租赁有特殊规定，包括租期限制、租金标准等。如果当地政策对租期届满后的处理有明确规定，那么双方应遵守这些规定。
   • 如果当地政策允许在租期届满后进行一定期限的免费使用或经营，且这种安排符合政策要求，那么这种做法是合法的。

3. 法定程序：

   • 对于集体房屋的租赁，特别是涉及村社区集体资产的租赁，通常需要经过一定的法定程序，如村民会议或村民代表会议的讨论和决定。
   • 如果免费经营3年的安排没有经过这些法定程序，或者程序上存在瑕疵，那么这种安排可能面临法律上的挑战。

法律建议：

• 审查合同：首先，应仔细审查原租赁合同，了解其中关于租期、租金以及租期届满后处理的条款。
• 咨询政策：其次，咨询当地相关部门或政策文件，了解对集体房屋租赁的具体规定和要求。
• 协商补充：如果原合同中没有明确约定租期届满后的处理方式，且当地政策允许，双方应协商并签订补充协议，明确免费经营3年的具体条款和条件。
• 遵守程序：确保任何关于租赁合同的变更或补充都经过必要的法定程序，以避免法律纠纷。

可能的法律后果：

• 如果未经法定程序或违反合同条款和当地政策规定，擅自安排免费经营3年，可能面临合同无效、被要求支付租金或赔偿损失等法律后果。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。