员工存在职务犯罪时，其处理过程是一个既涉及司法程序又涵盖企业内部管理的复杂过程。以下是对此问题的详细解答：

一、司法程序处理

1. 立案侦查

   • 管辖机关：首先，需要明确的是，职务犯罪根据犯罪主体和性质的不同，由不同的机关负责立案侦查。例如，国有企业等国家工作人员的贪污、受贿等犯罪由监察委员会调查；而公司、企业等非国家工作人员的职务侵占、挪用资金等犯罪则由公安机关侦查。
   • 调查措施：在侦查阶段，相关机关会采取一系列调查措施，如谈话、讯问、询问、查询银行账户、冻结资产、搜查、调取证据、查封扣押涉案物品等，以确保案件事实清晰，证据确凿。

2. 审查起诉

   • 侦查终结后，案件会移送人民检察院进行审查起诉。检察院会对案件事实、证据进行全面审查，确保犯罪事实清楚，证据确实充分。
   • 根据审查结果，检察院会决定是否提起公诉。若犯罪事实清楚，证据确实充分，则提起公诉；若犯罪情节轻微，可依法作出不起诉决定。

3. 审判与执行

   • 法院会对提起公诉的案件进行审理，通过法庭调查、辩论等环节，依据事实和法律作出判决。
   • 对一审判决不服的，可向上级法院提起上诉。二审法院会根据上诉情况，作出维持原判、改判或发回重审的决定。
   • 刑罚执行由公安机关、监狱等执行机关负责，包括管制、拘役、有期徒刑等。罚金、没收财产等则由法院执行。

二、企业内部处理

1. 初步应对与调查

   • 发现职务犯罪嫌疑时，企业应立即对员工进行停职处理，以防止损害进一步扩大。
   • 同时，成立专门调查小组，开展内部调查，收集证据，为后续的司法程序和企业内部处理提供依据。

2. 纪律处分与劳动合同解除

   • 根据犯罪情节的轻重，企业可依据内部规章制度，对职务犯罪员工给予警告、记过、降级、撤职、开除等纪律处分。
   • 若员工被依法追究刑事责任，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，企业有权解除劳动合同。

3. 经济损失追偿

   • 职务犯罪往往会给企业带来经济损失。企业有权要求犯罪员工赔偿经济损失，可通过协商或民事诉讼途径实现。

4. 管理制度完善与预防

   • 企业应对内部管理制度进行全面审查，特别是财务管理、审批流程、内部审计等方面，查找管理漏洞。
   • 加强关键岗位的监督和制约，建立健全预防机制，如定期审计、轮岗制度等，以防止职务犯罪再次发生。
   • 同时，加强对员工的法制教育和职业道德教育，提高法律意识和职业操守，从源头上减少职务犯罪的发生。

三、综合建议

• 在处理员工职务犯罪时，企业应保持与司法机关的密切沟通，确保处理措施的合法性和有效性。
• 针对具体案例，企业应评估犯罪的严重程度和涉及金额，以决定是以内部处理为主还是立即报警并配合司法机关调查。
• 在处理过程中，企业应注重保护员工的合法权益，避免过度处理或侵犯员工隐私。
• 同时，企业应深刻反思管理漏洞，及时改进和完善相关制度，构建长效预防机制，以维护企业的稳定和健康发展。