关于农村自建房邻里签署的协议是否需要盖章的问题，这主要取决于协议的具体内容和当地的实践习惯，但我可以从一般法律原则和实际操作的角度，为您提供一些分析和建议。

首先，从法律原则上看，协议的有效性并不完全取决于是否盖章。一份协议，只要其内容合法、双方意思表示真实，且不违反法律法规的强制性规定，即使没有盖章，也可能被认定为有效。然而，在实际操作中，盖章往往被视为一种确认和证明协议真实性的方式，有助于增强协议的法律效力和执行力。

对于农村自建房邻里签署的协议，这类协议通常涉及到土地使用、建筑边界、通风采光等相邻关系问题。为了确保协议的明确性和可执行性，我建议您在签署协议时，尽量让所有相关方都签字并盖章（如果可能的话）。盖章可以作为一种额外的确认手段，表明各方对协议内容的认可和接受。

此外，根据我了解到的农村建房相关流程，如汝城县卢阳镇的农村个人建房申请报告中就明确要求，需要四抵邻里无论是否本组都要签字，并加盖村、组、建房理事会公章。这一要求体现了在农村建房过程中，邻里协议的重要性和盖章的必要性。虽然这并不直接适用于所有农村地区，但它提供了一个参考范例，说明在某些情况下，盖章可能是协议生效或获得官方认可的必要条件。

最后，我还想提醒您的是，无论协议是否需要盖章，都建议您在签署前仔细阅读协议内容，确保所有条款都明确无误，并咨询当地法律专业人士或相关部门的意见，以确保您的权益得到充分保障。

综上所述，虽然法律并未明确规定农村自建房邻里签署的协议必须盖章，但为了确保协议的明确性、可执行性和法律效力，我建议您在签署时尽量让所有相关方都签字并盖章（如果可能的话）。同时，也请您根据当地的具体情况和实践习惯来做出决策。