针对您提出的问题“客户租我的厂房有土地使用证合法吗”，首先我们需要明确几个关键点：厂房的租赁、土地使用证的合法性以及二者之间的关系。

结论前置：客户租用您的厂房，并且您持有合法的土地使用证，在一般情况下，这种租赁行为是合法的，但还需考虑租赁合同的具体内容以及土地用途规划等因素。

详细分析：

1. 土地使用证的合法性：

   • 您持有土地使用证，这意味着您拥有该土地的使用权，这是进行租赁的基础。
   • 土地使用证应明确记载土地的使用权人、土地位置、面积、用途、使用期限等信息。
   • 确保土地使用证在有效期内，且未因任何原因被注销或吊销。

2. 租赁合同的合法性：

   • 您与客户之间应签订合法的租赁合同，明确双方的权利和义务。
   • 租赁合同中应明确约定租赁物（即厂房）的具体情况、租赁期限、租金及支付方式、违约责任等条款。
   • 租赁合同的内容应符合相关法律法规的规定，不得违反强制性法律规定。

3. 土地用途规划：

   • 您需要确认土地用途规划是否允许在该土地上建设厂房并进行租赁。
   • 如果土地用途规划为工业用地或建筑用地，且您已按照规划要求建设了厂房，那么租赁行为通常是合法的。
   • 如果土地用途规划不允许建设厂房或进行租赁活动，那么您需要办理相关变更手续或寻找其他合法的土地用途。

4. 特殊情况：

   • 如果您的土地是集体经营性建设用地，那么您需要确保已经按照《土地管理法》的规定办理了相关手续，并获得了出租的批准。
   • 如果租赁合同中存在特殊约定，如限制租赁用途或期限等，那么您需要确保客户的租赁行为符合这些约定。

综上所述，客户租用您的厂房并持有合法的土地使用证，在一般情况下是合法的。但为了确保租赁行为的完全合法性，您还需要关注租赁合同的具体内容、土地用途规划以及可能存在的特殊情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。