与公司发生劳动争议时，劳动者可以按照以下步骤来有序处理，以确保自己的权益得到妥善维护：
一、优先协商解决
重要性：协商解决是成本最低、效率最高且最有助于维持双方关系的方式。
操作方法：
- 主动与公司的人力资源部门或相关管理层进行沟通。
- 明确表达自己的诉求和意见，同时听取对方的解释和建议。
- 通过摆事实、讲道理，双方共同寻求一个都能接受的解决方案。
示例：如果发现加班工资计算有误，可以先与财务或主管沟通，提供加班记录等证据，尝试协商补发。
二、申请调解作为备选
企业内部调解：
- 机构：向企业内部的劳动争议调解委员会提出申请。
- 流程：详细说明纠纷情况和个人诉求，委员会将组织双方沟通协商，力求达成和解协议。
第三方调解：
- 机构：若企业内部调解无果，可向基层人民调解组织（如街道、社区的调解中心）申请调解。
- 流程：提交调解申请书及相关证据，调解员将进行调查并提出调解建议，帮助双方达成协议。
法律效力：达成的调解协议具有一定的法律效力，双方需履行。若一方不履行，另一方可依法申请仲裁或提起诉讼。
三、申请劳动仲裁以法律手段维权
适用情况：当协商和调解均无法解决问题时，劳动者应向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
申请流程：
- 仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 提交申请：向有管辖权的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请，并按被申请人人数提交副本。申请书需载明基本信息、仲裁请求、事实和理由、证据及来源等。
- 仲裁审理：仲裁委员会受理申请后，将组成仲裁庭进行审理。双方需如实陈述事实和理由，进行举证、质证和辩论。仲裁庭根据双方提供的证据和陈述进行调查，最终作出裁决。裁决一般应在受理之日起四十五日内作出，复杂案件可延期但不超过十五日。
注意：对仲裁裁决不服的（除法律规定的终局裁决外），可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
四、提起诉讼作为最终途径
适用情况：若对仲裁裁决不满或仲裁委员会逾期未作出裁决，劳动者可向有管辖权的人民法院提起诉讼。
诉讼流程：
- 选择管辖法院：一般由用人单位所在地或劳动合同履行地的基层人民法院管辖。
- 准备诉讼材料：包括起诉状、证据材料等。起诉状需记明原被告基本信息、诉讼请求、事实与理由、证据及来源等。
- 参加庭审：按时参加庭审，在法庭上进行陈述、举证、质证和辩论。法院将根据事实和法律作出判决。
- 上诉：对一审判决不服的，可在判决书送达之日起十五日内向上一级法院提起上诉。二审判决为终审判决，具有法律效力。
五、重要提示
- 证据收集：在处理劳动争议过程中，劳动者应重视证据的收集和保存，如劳动合同、工资条、考勤记录、工作邮件等，以证明自己的主张和权益。
- 法律咨询：鉴于法律条款和程序的复杂性，寻求专业律师的咨询和帮助是非常必要的。律师能提供专业的法律意见和指导，确保劳动者的合法权益得到有效维护。
综上所述，面对劳动争议，劳动者应保持冷静、理性，按照上述步骤逐步解决问题，并注重证据的收集和保存，以确保自己的权益得到充分保障。