旷工自离时，工资的扣除并非随意进行，而是需依据公司的合法规章制度和劳动合同来决定，同时必须遵守国家法律法规，确保扣款合理且合法。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、劳动合同及规章制度有规定的情况
规章制度合法性：
- 如果用人单位的规章制度经过了合法程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定等），并向劳动者进行了公示，且其中明确规定了旷工的处理方式（如旷工一天扣一天工资，或旷工达到一定天数视为自离并扣除相应工资），则公司可按照此规定执行。
- 扣除比例需合理：扣除工资的比例必须合理，不能超过法定范围。例如，若规章制度规定旷工一天扣一天工资，则旷工自离应扣除相应天数的工资。但若规定旷工自离扣除一个月工资，这种明显不合理且不合法的条款将可能违反工资支付应当足额的原则。
实际操作示例：
- 假设员工月工资为5000元，每月计薪天数为21.75天。若员工旷工3天自离，且公司规章制度规定旷工一天扣一天工资，则公司应扣除的工资为：\(5000 \div 21.75 \times 3 \approx 689.66\)（元）。剩余工资应支付给员工。
二、劳动合同及规章制度无规定的情况
无规定时的处理原则：
- 若用人单位没有相关合法有效的规章制度，或规章制度中未对旷工自离的工资扣除作出明确规定，则用人单位不能随意扣除劳动者的工资。
- 在这种情况下，劳动者提供了劳动的部分有权获得相应报酬。对于旷工的3天，用人单位可以不支付工资，但不能额外扣除其他正常出勤天数的工资。
工资计算方式：
- 员工应得工资应按照其实际出勤天数和劳动合同约定的工资标准来计算。例如，若员工当月正常出勤15天，月工资为5000元，则应得工资为：\(5000 \div 21.75 \times 15 \approx 3448.28\)（元）。旷工的3天不支付工资。
三、公司规章制度的合法性要求
内容合法、程序合规：
- 公司在制定关于旷工处理的规章制度时，必须确保其内容合法、程序合规，并向员工进行公示。否则，即使规章制度中有相关规定，也可能因违法而无效。
公示方式：
- 规章制度可以通过员工手册、公告栏、电子邮件等方式进行公示，确保员工知晓并理解其中的内容。
四、劳动者的权益保护
维权途径：
- 如果用人单位扣除工资的行为不合理、不合法，劳动者有权通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。
协商与沟通：
- 劳动者在面临工资扣除争议时，应先与公司的人力资源部门沟通，了解详细的计算方式和依据。若存在争议且无法协商解决，可考虑通过法律途径解决。
五、特殊情况下的工资扣除
造成经济损失时的扣除：
- 若员工旷工自离行为给公司造成经济损失，公司可依据相关规定和证据，从员工工资中扣除相应的赔偿金额。但扣除后的剩余工资仍需满足法律限制，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
扣除示例：
- 假设员工月工资为5000元，当地月最低工资标准为2000元。若员工旷工自离给公司造成1500元经济损失，公司最多每月可从其工资中扣除1000元（\(5000 \times 20\%\)）。若分月扣除，直至扣完1500元为止。但若员工当月工资仅为2000元，公司最多只能扣除400元（\(2000 \times 20\%\)），确保扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准。
总结与建议：
旷工自离时，工资的扣除需根据公司的合法规章制度和劳动合同来决定，并确保扣款行为合法、合理。劳动者在面对工资扣除时，应了解自己的权益和义务，必要时可寻求专业法律帮助以维护自身权益。同时，用人单位在处理旷工问题时，也应严格按照法律法规和规章制度执行，确保扣款行为的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。