结论：周日通勤时间是否算加班，需根据具体情况判断，主要看通勤时间是否被认定为工作时间以及公司是否支付了相应的加班费或安排了补休。以下从不同角度进行分析：
一、通勤时间与工作时间的界定
通勤时间通常不被视为工作时间：
- 一般情况下，通勤时间是指员工从居住地到工作地点的往返时间，这段时间通常不被视为工作时间。因为在这段时间内，员工并未实际从事工作，而是处于前往或离开工作场所的过程中。
特殊情况下通勤时间可能被视为工作时间：
- 如果公司安排员工在周日前往外省市，并且要求员工在外省市打卡上班，且通勤时间较长，影响了员工的正常休息和生活，那么在这种情况下，通勤时间有可能被视为工作时间的一部分，特别是当通勤时间被明确纳入公司的工作安排或考勤制度中时。
二、加班费的支付与补休安排
如果通勤时间被视为工作时间：
- 根据《劳动法》的相关规定，员工在休息日（如周日）工作，且不能安排补休的，公司应支付不低于工资百分之二百的工资报酬作为加班费。因此，如果周日通勤时间被视为工作时间，且公司未安排补休，那么公司应支付相应的加班费。
如果通勤时间不被视为工作时间：
- 如果通勤时间不被视为工作时间，那么公司无需支付加班费。但公司应确保员工的总工作时间不超过法定标准，且应合理安排员工的工作和休息时间，避免员工过度劳累。
三、实际操作中的建议
与公司沟通：
- 员工可以与公司沟通，明确周日通勤时间是否被视为工作时间，以及公司是否支付加班费或安排补休。如果公司未明确说明，员工可以要求公司出具书面说明或政策文件。
保留证据：
- 员工应保留与周日通勤相关的证据，如考勤记录、工作安排通知、通勤票据等，以便在需要时证明自己的权益。
寻求法律援助：
- 如果员工认为自己的权益受到侵害，如公司未支付加班费或未安排补休，可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。
举例说明：假设员工小张每周日需前往外省市打卡上班，通勤时间为4小时。如果公司明确将这4小时通勤时间计入工作时间，并且未安排补休，那么小张有权要求公司支付这4小时的加班费，加班费计算方式为：小张的日工资×200%×（4小时÷8小时）（假设小张日工资为X元，则加班费为X×200%×0.5=X元，即小张应获得相当于其日工资一半的加班费，但实际计算需根据小张的具体工资和工作时间来确定）。如果公司未将通勤时间计入工作时间，则无需支付加班费，但应确保小张的总工作时间不超过法定标准。
总结：周日通勤时间是否算加班，需根据具体情况判断。员工应与公司沟通明确相关政策，并保留好相关证据。如有需要，可以寻求法律援助来维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。