结论：甲方维修不通知直接发函扣质保金的行为是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。

1. 合同约定优先原则
   若双方签订的合同中明确约定了“甲方在维修时无需提前通知乙方，可直接从质保金中扣除维修费用”的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定（如《民法典》第497条关于格式条款无效的情形），则甲方行为具有合法性。此时，合同条款是双方意思自治的体现，司法实践中通常会尊重合同约定。

2. 合同无约定或约定不明时的处理
   若合同未明确约定甲方可直接扣款，或约定存在歧义，则需依据《民法典》第510条（合同补充解释规则）和第511条（法定履行规则）处理：

   • 通知义务：甲方作为维修义务方，原则上应先通知乙方履行维修义务。若乙方未履行，甲方可自行维修，但需保留维修费用凭证（如发票、维修报告等），并通过合法程序（如诉讼、仲裁）主张扣除质保金。
     
   • 直接扣款的合法性：未经通知直接扣款可能构成违约，乙方有权要求甲方返还被扣款项，并主张违约责任（如赔偿损失）。但若甲方能证明“紧急情况”（如不立即维修会导致更大损失），且事后及时补正通知程序，可能被认定为合法。

3. 质保金性质与法律限制
   质保金本质是担保合同履行的一种方式，其扣除需符合以下条件：

   • 目的合法性：仅能用于弥补乙方违约造成的损失，不得挪作他用。
     
   • 金额合理性：扣除金额不得超过乙方实际违约造成的损失（参考《民法典》第584条关于损害赔偿范围的规定）。
     
   • 程序正当性：需通过协商、诉讼等合法途径主张，而非单方强制扣款。

建议：

• 若您是乙方，可先核查合同条款，若甲方行为违反合同或法律规定，可书面要求甲方返还被扣款项，并保留通过诉讼/仲裁维权的权利。
  
• 若您是甲方，建议完善合同条款，明确维修通知程序及扣款条件，避免单方行为引发纠纷。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体合同条款或案件细节。