结论：在合同纠纷中，若合同明确约定为“工作日”但实际执行或理解上存在争议，且您有证据证明实际应为“自然工作日”，而法院仍按“工作日”计算工期，这可能涉及合同解释、证据认定及法律适用等多个层面的问题。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同解释的角度

• 合同条款的明确性：首先，需要审查合同中关于“工作日”的定义是否明确。如果合同中未对“工作日”进行明确定义，而双方在实际履行过程中存在不同理解，这可能导致合同解释上的争议。
• 交易习惯与行业惯例：在合同解释时，法院可能会考虑交易习惯或行业惯例。如果“自然工作日”是该行业或交易中的普遍理解，且您能提供相关证据（如行业规范、交易记录等），这可能对法院的解释产生影响。
• 证据的充分性与证明力：您提到有证据说明实际应为“自然工作日”，这些证据的充分性和证明力是关键。证据应能够直接、清晰地证明双方在实际履行过程中是按照“自然工作日”来计算的。

2. 法律适用的角度

• 相关法律法规：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同解释应遵循诚实信用原则，并考虑合同的目的、交易习惯以及公平原则等因素。如果法院仅按“工作日”计算工期，而忽略了这些因素，可能涉及法律适用的问题。
• 类似案例的参考：您可以查找类似案例，了解法院在处理类似合同纠纷时的裁判思路。如果存在类似案例支持您的观点，这可能对您的案件产生积极影响。

3. 应对策略与建议

• 上诉或申请再审：如果您认为法院的判决存在错误，您可以考虑在法定期限内提起上诉或申请再审。在上诉或申请再审过程中，您需要充分阐述您的观点，并提供相关证据支持。
• 与对方协商：在诉讼之外，您也可以考虑与对方进行协商，寻求和解或调解的可能性。通过协商，双方可能能够达成更符合实际情况的解决方案。
• 完善合同条款：为了避免未来类似纠纷的发生，建议您在签订合同时对“工作日”等关键条款进行明确定义，并考虑加入争议解决机制等条款，以便在发生纠纷时能够更有效地维护自己的权益。

4. 可能的法律后果

• 如果法院维持原判：如果法院最终维持原判，即按“工作日”计算工期，您可能需要按照判决结果履行相关义务。但您仍可以保留相关证据，以便在未来可能出现的其他纠纷中作为参考。
• 如果法院改判或调解成功：如果法院改判或双方通过调解达成一致意见，按照“自然工作日”计算工期，这将更符合您的实际需求，并有助于维护您的合法权益。

最后，合同纠纷的处理往往涉及复杂的法律问题和事实认定。如果您对法院的判决结果存在异议，或者需要进一步的法律帮助和建议，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。