结论前置：租房合同上写明一式两份，但实际只签了一份且在租户那里，这份合同在内容合法、意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定的前提下，仍然是有效的。不过，从风险防控和权益保障的角度，建议尽量按照合同约定的份数签署并各自保管。
从合同成立与生效的法律角度分析
合同成立：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的成立并不完全依赖于合同的份数或是否双方都签字。只要双方当事人就合同的主要条款（如租赁房屋的位置、租赁期限、租金及支付方式等）达成一致意见，并且有一方已经签字，同时有证据证明另一方对合同内容认可并作出了受合同约束的意思表示（如已按合同约定支付租金或交付房屋），那么该合同即视为成立。
合同生效：
- 合同的生效要件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定，以及不违背公序良俗。只要租房合同满足这些条件，即使只有一份被签字，也是有效的，并对双方当事人均具有法律约束力。双方都应按照合同约定履行各自的义务。
从风险防控与实践操作的角度考虑
风险防控：
- 虽然从法律上讲，只签署一份租房合同并不影响其效力，但从实际操作和风险防控的角度来看，制作一式两份或多份合同并分别由各方保管，可以更有效地防止合同丢失、损坏或被篡改。这样做能在发生争议时提供更充分的证据支持，从而更好地保护双方的合法权益。
实践操作建议：
- 在签订租房合同时，应确保合同内容完整、清晰，并涵盖所有必要的条款和细节。
- 尽量让双方在一式两份或多份的合同上都签字，并各自留存一份作为凭证。如果只能签署一份合同，应确保该合同的原件能够被妥善保存，并在需要时能够提供足够的证据来证明合同的内容和双方的约定，比如通过拍照、扫描等方式留存备份。
- 如果房东或租户对合同内容有异议或需要修改，应及时与对方沟通并达成一致意见，确保合同内容的真实性和合法性。
特殊情况下的处理建议
如果未签字的一方否认合同内容：
- 签字方需要提供其他证据来证明合同的内容和双方的约定，如聊天记录、付款凭证、证人证言等。这些证据应能够清晰地证明双方就租赁事宜达成了一致意见，并且合同内容合法、真实。
如果合同原件丢失或损坏：
- 双方应尽快协商补签合同或达成其他书面协议，以明确双方的权利和义务。如果无法补签合同，双方应尽量通过其他方式保留证据，如通过邮件、短信等方式确认对方的认可和承诺。
总结：租房合同上写明一式两份但实际只签了一份且在租户那里，在合同内容合法、意思表示真实的前提下，该合同仍然是有效的。但为了更好地保障双方的权益和减少潜在的纠纷风险，在实际操作中还是建议尽量遵循惯例，制作和签署一式两份或多份合同，并确保双方都各自持有一份完整的合同原件。如果你在租房合同方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。