针对您提出的“农田不准种树但已经栽了树怎么办，是要申请补办手续还是必须移除”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国土地管理法》及相关政策规定，永久基本农田是禁止种植树木的，这是为了保障国家的粮食安全生产，确保18亿亩耕地红线不被跨越。如果您的农田被认定为永久基本农田，并且您已经种植了树木，那么根据规定，这些树木是需要被移除的，以恢复农田的耕种功能。
关于是否需要申请补办手续：
在一般情况下，由于永久基本农田的用途是受到严格限制的，不允许改变其用途进行植树造林等活动，因此通常不需要也不允许申请补办相关手续来继续种植树木。相反，您应该积极配合当地政府和相关部门的工作，按照要求将已种植的树木进行移除，并恢复农田的耕种状态。
关于移除树木后的处理：
恢复耕种：移除树木后，您需要对农田进行适当的养护和整理，如深翻土地、增施农家肥等，以恢复土壤的肥力和耕种条件。这样有助于确保农田在移除树木后能够迅速恢复生产能力，继续用于粮食作物等农作物的种植。
关注政策动态：在移除树木和恢复耕种的过程中，建议您密切关注当地政府和相关部门发布的政策动态和通知要求。这些政策可能会提供关于农田恢复、耕种补贴等方面的信息和支持，有助于您更好地进行农田管理和生产。
咨询专业意见：如果您对农田的恢复耕种或相关政策存在疑问或不确定的地方，可以咨询当地农业部门、自然资源部门或相关专家的意见。他们可以根据您的具体情况和当地政策要求，为您提供更具体、更专业的指导和建议。
关于可能的处罚：
如果您未按照要求移除已种植的树木并恢复农田的耕种状态，可能会面临一定的处罚。根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》的相关规定，非法占用永久基本农田发展林果业的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正；逾期不改正的，将按占用面积处耕地开垦费2倍以上5倍以下的罚款；破坏种植条件的，还将依照相关法律规定进行处罚。
综上所述，如果您的农田被认定为永久基本农田且已经种植了树木，那么您应该积极配合当地政府和相关部门的工作，按照要求将树木移除并恢复农田的耕种状态。同时，关注政策动态、咨询专业意见并遵守相关法律法规和政策要求，以确保您的农田管理和生产活动合法合规。