针对员工迟到故意不打卡这一行为，公司需要采取一系列合理且合法的措施来处理。以下是我为您提供的详细解答：

首先，明确公司规章制度：

• 公司应在劳动合同或员工手册中明确规定考勤制度，包括迟到、早退、旷工的定义以及相应的处理措施。例如，可以规定“连续旷工满X天或累计旷工满Y天，公司有权解除劳动合同”等条款。
• 同时，规章制度中应明确禁止虚假打卡、委托他人打卡等行为，并规定相应的处罚措施。

其次，收集证据：

• 当发现员工存在迟到故意不打卡的行为时，公司应首先收集相关证据，如考勤记录、监控视频、同事证言等，以证明员工的违纪行为。
• 证据应确凿、充分，能够形成完整的证据链，以便在后续处理中作为依据。

接着，与员工进行面谈：

• 在收集到足够证据后，公司应安排与员工进行面谈，了解其迟到故意不打卡的原因和动机。
• 面谈过程中，应保持冷静、客观，听取员工的解释和申辩，并做好记录。

然后，根据规章制度进行处理：

• 根据公司规章制度和收集到的证据，对员工的违纪行为进行认定。
• 如果员工的违纪行为符合规章制度中规定的解除劳动合同的条件，公司可以依法解除劳动合同。但在此之前，应确保已履行了必要的程序，如提前通知员工、听取其意见等。
• 如果员工的违纪行为尚未达到解除劳动合同的程度，公司可以根据规章制度给予相应的处罚，如警告、罚款、扣减奖金等。

此外，注意合法性和合理性：

• 在处理员工违纪行为时，公司应确保处理措施合法、合理，不侵犯员工的合法权益。
• 例如，不能将迟到半小时直接认定为半天旷工，这种扩大看待劳动者违纪情节的行为可能被视为不合理，从而引发劳动纠纷。

最后，加强员工教育和培训：

• 为了预防类似行为的发生，公司应加强员工的教育和培训，提高员工的法律意识和职业道德水平。
• 通过定期的培训、宣传等方式，让员工了解公司的规章制度和考勤制度，明确违纪行为的后果和责任。

综上所述，处理员工迟到故意不打卡的行为需要公司采取一系列合理且合法的措施。通过明确规章制度、收集证据、与员工面谈、根据规章制度进行处理以及加强员工教育和培训等方式，公司可以有效地维护自身的权益和秩序。